SARS-CoV-2 PCR Pozitif Olgularda Viral Subgenomik RNA’ların ve Antijen Varlığının Değerlendirilmesi

Şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirüs-2 [severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2)]’nin tanısında sıklıkla polimeraz zincir reaksiyonu [polymerase chain reaction (PCR)] ve antijen testi (AgT) kullanılmaktadır. Virüs genomunu saptayan rutin PCR testleri virüsün bulaşıcı olup olmadığını belirleyemez. Ancak replikasyon döneminde üretilen subgenomik RNA (sgRNA) tespiti, aktif viral enfeksiyonu gösterebilir. Aktif virüs tespiti izolasyon süresinden tedaviye çeşitli sağlık ve ekonomik kazanımlar sunabilir. Antijen testleri de belli bir yük miktarından itibaren virüs saptayabildiğinden bulaşıcılık göstergeci olarak düşünülmektedir. Bu çalışmada, genomik RNA yerine iki farklı subgenomik RNA ve AgT kullanılarak bulaşıcılık açısından birbirleriyle ve klinik ile ilişkisini irdelemek amaçlanmıştır. Bulaşıcılık göstergeci olarak antijen testinin de subgenomik RNA ile birlikte değerlendirilmesi, bu testin önemini gösterebilecektir. SARSCoV-2 PCR pozitif -80 °C’de saklanmış 109 nazo/orofarengeal sürüntü numunesi çalışmaya alınmıştır. Bu örneklere PCR pozitifliğini doğrulama amacıyla E gen PCR gerçekleştirilerek AgT, E ve N sgRNA [kantitatif gerçek zamanlı revers transkriptaz (RT-qPCR)] tespiti yapılmıştır. SARS-CoV-2 PCR pozitif 109 numunenin 83 (%76.14)’ünde antijen testi, 88 (%80.73)’inde E gen sgRNA, 96 (%88.07)’sında N gen sgRNA, 97 (%89)’sinde en az bir sgRNA pozitifliği saptanmıştır. En az bir sgRNA tespit edilen örneklerin %77.3’ünde, negatif olanların %66.7’sinde AgT pozitif bulunmuş olup bu fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır (p= 0.475). E sgRNA ile AgT pozitifliği arasındaki fark anlamlı saptanmıştır (p= 0.023). E sgRNA pozitif örneklerin %98.9’unda, negatif örneklerin ise %42.9’unda N sgRNA pozitif bulunmuş olup bu fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p= 0.0001). Döngü eşik değeri [cycle threshold (Ct)] ≤ 25 için AgT pozitifliği oranı %98.15 (53/54), Ct 25-30 için %57.14 (12/21), Ct ≥ 30 için %52.94 (18/34) bulunmuştur. E gRNA Ct değerinin ≤ 25 ve > 25, ≤ 29 ve > 29, < 30 ve ≥ 30 olması durumunda antijen testi pozitifliğindeki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p= 0.0001). Antijen testi pozitifliği, beklendiği gibi viral yük ve bulaşıcılık ile ilişkili görünmektedir. Bu çalışmada semptom süresinden en az 10 gün sonrasında da bulaşıcılık göstergeci sgRNA’ların ve AgT’nin saptanabildiği gösterilmiştir. Bu iki testin birlikte kullanılması, enfekte bireyleri daha yüksek bir doğrulukla saptayarak hastanede kalış ve izolasyon süresini kısaltabilecektir.

Polymerase chain reaction (PCR) and antigen test (AgT) are frequently used in the diagnosis of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). Routine PCR tests that detect the virus genome cannot determine whether the virus is infectious or not. However, detection of subgenomic RNA (sgRNA) produced during the replication period may indicate active viral infection. Active virus detection can offer various health and economic benefits from isolation time to treatment. Antigen tests are also considered as indicators of infectiousness since they can detect viruses above a certain load amount. The aim of this study was to use two different subgenomic RNAs and antigen test instead of genomic RNA to examine the relationship with each other and the clinic in terms of infectiousness. Evaluating the antigen test together with subgenomic RNA as an indicator of infectiousness may show the importance of this test. SARS-CoV-2 PCR positive 109 naso/oropharyngeal swab samples stored at-80 degrees C were included in the study. In order to confirm the PCR positivity of these samples, E gene PCR was performed and AgT, and E and N sgRNA quantitative real-time reverse transcription-PCR (RT-qPCR) detection was performed. Of the 109 SARSCoV-2 PCR positive samples, 83 (76.14%) had antigen test positivity, 88 (80.73%) had E gene sgRNA, 96 (88.07%) had N gene sgRNA and 97 (89%) had at least one sgRNA positivity.The antigen test was found positive in 77.3% of the samples in which at least one sgRNA was detected and in 66.7% of the negative samples and this difference was not statistically significant (p= 0.475). The difference between E sgRNA and AgT positivity was significant (p= 0.023). N sgRNA was positive in 98.9% of E sgRNA positive samples and 42.9% of the negative samples and this difference was statistically significant (p= 0.0001). The AgT positivity rate was found to be 98.15% (53/54) for cycle threshold (Ct) value <= 25, 57.14% (12/21) for Ct 25-30, and 52.94% (18/34) for Ct >= 30. The difference in antigen test positivity between E gRNA Ct value <= 25 and > 25, <= 29 and > 29, < 30 and >= 30 was statistically significant (p= 0.0001). Antigen test positivity appears to be associated with viral load and infectivity, as expected. In our study, it has been shown that sgRNAs and AgT which are indicators of infectiousness can be detected at least 10 days after the symptom period. Using these two tests together could detect infective individuals with higher accuracy and shorten the duration of hospital stay and isolation.