Yazar "Korkmaz, Savaş" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 20 / 53
  • [ X ]
    Öğe
    Application of direct tissue blot immunoassay in comparison with DAS-ELISA for detection of Turkish isolates of citrus tristeza closterovirus (CTV)
    (TUBITAK, 2002) Korkmaz, Savaş
    In this study, the direct tissue blot immunoassay (DTBIA) procedure was tested for the detection of 10 different Turkish isolates of the citrus tristeza virus (CTV) by employing monocional and polycional antibodies. The DAS-ELISA and DTBIA procedures were compared using two different monoclonal antibodies (3E10 and MCA-13) for 10 CTV isolates. The storage effects of blotted membranes on the blot assay were also investigated by using different temperatures (4 and 25 °C) and storage intervals (1, 2, 3 and 4 weeks). In addition, 258 Satsuma trees in one orchard were tested using ELISA and DTBIA. All polyclonal (1212-1, 981-1 and 908-7) and monoclonal (ECTV-175, ECTV-176, 11B1-3 and 3E10-6) antibodies reacted to CTV isolates, except MCA-13, which only reacted to Igdir and Cyprus CTV isolates. DAS-ELISA was also positive for all CTV isolates that reacted to DTBIA. Membranes kept at 25 °C gave better results than those kept at 4 °C, whereas there were no clear differences between storage periods for the same treatment combinations. Assays of 258 Satsuma trees by ELISA and DTBIA indicated similar rates of CTV infection. Seven trees were infected and 251 trees were virus-free in both tests. DTBIA is a rapid, sensible and reliable procedure for the detection of CTV. It requires little sample preparation and tissue blots can be stored at 25°C for at least 4 weeks prior to the assay. Moreover, blotted membranes can be sent safely to another place for testing.
  • [ X ]
    Öğe
    Application of direct tissue blot immunoassay in comparison with DAS-ELISA for detection of Turkish ısolates of citrus tristeza closterovirus (CTV)
    (2002) Korkmaz, Savaş
    In this study, the direct tissue blot immunoassay (DTBIA) procedure was tested for the detection of 10 different Turkish isolates of the citrus tristeza virus (CTV) by employing monoclonal and polyclonal antibodies. The DAS-ELISA and DTBIA procedures were compared using two different monoclonal antibodies (3E10 and MCA-13) for 10 CTV isolates. The storage effects of blotted membranes on the blot assay were also investigated by using different temperatures (4 and 25 °C) and storage intervals (1, 2, 3 and 4 weeks). In addition, 258 Satsuma trees in one orchard were tested using ELISA and DTBIA. All polyclonal (1212-1, 981-1 and 908-7) and monoclonal (ECTV-175, ECTV-176, 11B1-3 and 3E10-6) antibodies reacted to CTV isolates, except MCA-13, which only reacted to Igdir and Cyprus CTV isolates. DAS-ELISA was also positive for all CTV isolates that reacted to DTBIA. Membranes kept at 25 °C gave better results than those kept at 4 °C, whereas there were no clear differences between storage periods for the same treatment combinations. Assays of 258 Satsuma trees by ELISA and DTBIA indicated similar rates of CTV infection. Seven trees were infected and 251 trees were virus-free in both tests. DTBIA is a rapid, sensible and reliable procedure for the detection of CTV. It requires little sample preparation and tissue blots can be stored at 25 °C for at least 4 weeks prior to the assay. Moreover, blotted membranes can be sent safely to another place for testing.
  • [ X ]
    Öğe
    Balıkesir ve Uşak İlleri Tütün Ekim AlanlarındaPotyvirus İzolatlarının Belirlenmesi ve Karakterizasyonu
    (2022) Zelyüt, Filiz Randa; Karanfil, Ali; Korkmaz, Savaş
    Tütünlerde enfeksiyona neden olan çok sayıda viral etmen mevcuttur. Bunlar arasından potyvirüsler oldukça yaygın olup, tütünlerde enfeksiyonlar meydana getiren en önemli üyelerinden bir tanesi de Patato virus Y (PVY)’dir. Ülkemizde ise potyvirus ve PVY izolatlarının tütün üretim alanlarındaki enfeksiyonuna yönelik çalışmalar oldukça sınırlıdır. Gerçekleştirilen bu çalışma kapsamında Balıkesir ve Uşak illeri tütün üretim alanlarından simptomatik 71 örnek alınmıştır. Alınan örnekler potyvirus dejenere primerleri kullanırak RT-PCR yöntemi ile testlenmiştir. Testlemeler sonucunda 10 örnekte potyvirus enfeksiyonu tespit edilmiştir. Elde edilen potyvirus izolatlarının tür düzeyinde tanılanması amacı ile yapılan dizileme çalışmaları sonucunda 9 PVY izolatı belirlenmiştir. Bir izolat ise tam olarak tür düzeyinde tanılanamamakla birlikte Leek yellow stripe virus (LYSV) izolatları ile % 75’e kadar benzerlik göstermiştir. PVY İzolatlarının benzerlik analizleri sonucunda genel olarak kendi içlerinde yüksek oranda dizi homolojisi gösterdiği belirlenmiştir. Filogenetik analizler sonucunda 7 izolat N streynleri ile kümelenirken, 2 izolat ise rekombinasyon göstermeyen izolatların dışında kaldığı saptanmıştır.
  • [ X ]
    Öğe
    Bamya bitkisinde Şalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus)’nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu
    (2019) Karanfil, Ali; Korkmaz, Savaş
    [Abstract Not Available]
  • [ X ]
    Öğe
    Biological, serological, and molecular characterization of Citrus tristeza virus isolates from different citrus cultivation regions of Turkey
    (Tubitak Scientific & Technological Research Council Turkey, 2008) Korkmaz, Savaş; Cevik, Bayram; Onder, Serkan; Koc, N. Kemal
    Field surveys were carried out in 5 different citrus cultivation regions of Turkey in 2005 and 2006, and 201 samples were collected from different citrus species. Samples were tested for the presence of Citrus tristeza virus (CTV) by double antibody sandwich-enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) and reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). While DAS-ELISA showed that 41 trees were infected with CTV, an additional 13 trees were found to be positive based on RT-PCR. When CTV-positive samples were tested with the Western blot method using the monoclonal antibody MCA13. which is specific to severe isolates of CTV. 32 isolates, mostly from satsuma, were found to be positive. These isolates were then verified by bidirectional/PCR (BD/PCR), allowing differentiation of the MCA13 positive and negative isolates, and detection of mixed infections. The BD/PCR results were generally in agreement with the results of the Western blot assay with MCA13. In total, 28 isolates representing different geographic locations and hosts were selected for biological indexing. Although none of these 28 isolates induced any symptoms in sour orange, grapefruit, or sweet orange, all isolates induced the vein clearing symptom in Mexican lime. Additionally, all the tested satsuma isolates and 1 kumquat isolate produced stem pitting in Mexican lime. The results revealed that potentially severe isolates of CTV are present in different citrus cultivation regions of Turkey.
  • [ X ]
    Öğe
    Biological, serological, and molecular characterization of citrus tristeza virus ısolates from different citrus cultivation regions of Turkey
    (2008) Korkmaz, Savaş; Çevik, Bayram; Önder, Serkan; Koç, N. Kemal
    Özet: Ülkemizin beş farklı turunçgil üretim bölgesinde 2005-2006 yılları arasında arazi çalışmaları yürütülmüş ve farklı turunçgil çeşitlerinden toplam 201 örnek toplanmıştır. Örnekler turunçgil tristeza virüsünün varlığını belirlemek amacıyla DAS-ELISA ve RTPCR yöntemleriyle test edilmiştir. ELISA testi sonucunda 41 örnek tristeza ile infekteli bulunurken, PCR çalışmalarında ilaveten 13 örnek daha tristeza ile infekteli bulunmuştur. Tristezanın şiddetli ırklarının belirlenmesi için geliştirilmiş olan MCA13 monoklonal antibadisi ile yapılan Western blot analizi çalışmalarında ise çoğunluğu Satsuma çeşitlerine ait olan 32 örnek pozitif sonuç vermiştir. MCA13 monoklonal antibadi sonuçlarını desteklemek ve aynı zamanda MCA 13 pozitif, negatif ya da karışık infeksiyonlarını belirlemek için geliştirilmiş olan iki yönlü PCR çalışmalarında ise MCA13 bulgularını destekler nitelikte sonuçlar elde edilmiştir. Ayrıca elde edildiği coğrafik bölgeler ve çeşitler göz önünde bulundurularak seçilen toplam 28 tristeza izolatının biyolojik özellikleri çalışılmıştır. Biyolojik indekslemeler sonucunda izolatların hiçbiri inokule edildiği portakal, turunç ve altıntop bitkilerinde simptom oluşturmazken, Meksika laymı bitkisinde ise damar açılması simptomu oluşturmuşlardır. İlaveten tüm Satsuma izolatları ve bir kamkat izolatı Meksika laymı bitkisinde gövde çukurlaşması simptomu oluşturmuştur. Bu sonuçlar farklı turunçgil üretim bölgelerinde turunçgil tristeza virüsünün şiddetli ırklarının bulunduğunu göstermiştir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Çanakkale İli Bağ Alanlarında Grapevine Fanleaf Virus İzolatlarının Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu
    (Çukurova Üniversitesi, 2024) Şirin, Ayşenur; Karanfil, Ali; Korkmaz, Savaş
    Bağ alanlarında verim ve kaliteyi düşüren en önemli faktörlerin başında hastalık ve zararlılar gelmektedir. Bunların içerisinde mücadelenin zor olması nedeni ile virüs hastalıkları büyük bir öneme sahiptir. Bağ alanlarında gerçekleştirilen çalışmalar neticesinde çok sayıda virüs hastalığı tanımlanmıştır. Bu virüs hastalıklarından bir tanesi de grapevine fanleaf virus (GFLV)’dur. GFLV ile ilgili olarak ülkemizde çok sayıda çalışma yapılmasına rağmen, çalışmaların büyük bir kısmı virüsün tespitine yönelik olmuştur. Bu çalışma etmenin tespiti ve izolatlarının moleküler karakterizasyonu amacı ile yürütülmüştür. Bu amaçla Çanakkale ili ve ilçeleri bağ üretim alanlarında virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 60 bitkiden örnekler alınarak GFLV spesifik primer çifti ile ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) kullanılarak testlenmiştir. Gerçekleştirilen testlemeler sonucunda toplanılan örneklerin 34’ünde GFLV enfeksiyonu tespit edilmiştir. Toplanılan örneklerdeki GFLV enfeksiyon oranı ise %56.66 olmuştur. Enfekteli örneklerde en dikkat çeken simptom tipi yapraklardaki sarımtrak klorozlar ve yaprak deformasyonları olarak belirlenmiştir. İzolatların moleküler karakterizasyonu amacı ile enfekteli olarak bulunan örneklerden elde edilen 4 izolat seçilerek kendi içlerinde ve dünya izolatları ile CP gen bölgesine göre göstermiş oldukları benzerlik ve filogenetik ilişkileri araştırılmıştır. Moleküler karakterizasyon çalışmaları sonucunda Türk ve dünya izolatlarının birbirleri ile %85 ve üzeri sekans benzerliği gösterdiği saptanmıştır. Filogenetik analizler sonucunda ise Türk izolatlarının iki farklı gruba dağılım gösterdiği belirlenmiştir.
  • [ X ]
    Öğe
    Çanakkale ili börülce üretim alanlarında Hıyar mozaik virüsü (Cucumber mosaic virus; CMV)’nün tespiti ve kılıf protein genine göre moleküler karakterizasyonu
    (2017) Karanfil, Ali; Korkmaz, Savaş
    Bu çalışma kapsamında 2015-2016 yıllarında Çanakkale ilinin börülce ve fasulye yetiştiriciliği yapılan alanlarına arazi çıkışları yapılarak virüs ve virüs benzeri belirtiler gösteren 14 fasulye, 8 börülce olmak üzere toplam 22 bitkiden örnekler alınmıştır. Toplanan örnekler Hıyar mozaik virüsü (Cucumber mosaic virus; CMV) varlığını belirlemek için DAS-ELISA ile testlenmiş ve 6 örnek CMV ile enfekteli bulunmuştur. Enfekteli bulunan tüm örnekler börülce bitkisinden elde edilirken, fasulye bitkilerinde enfeksiyon tespit edilememiştir. Elde edilen CMV izolatlarının kılıf protein (CP) gen bölgesi, gen spesifik primerler kullanılarak çoğaltılmış ve izolatların tamamında 638 bp büyüklükte CP genine spesifik ürün elde edilmiştir. CMV izolatları arasından CWP17 tesadüfi olarak seçilerek RT-PCR ürünleri purifiye edilmiş ve kısmi baz dizisi analizi gerçekleştirilmiştir. CWP17 izolatına ait sekans verisi KY474380 erişim numarası ile gen bankasına kaydedilmiştir. Gerçekleştirilen çoklu dizi analizleri sonucunda CWP17 izolatının dünya CMV izolatları ile nükleotid düzeyinde %80-99, aminoasit düzeyinde ise %90-100 benzerlik gösterdiği saptanmıştır. Oluşturulan filogenetik ağaçlar ile de CWP17 izolatının alt grup IB'de yer aldığı belirlenmiştir. Gerçekleştirilen bu çalışma ile Türkiye'de ilk defa CMV enfeksiyonu ticari börülce üretim alanlarında tespit edilmiştir. Ayrıca ülkemizde ilk kez baklagil üretim alanlarında CMV enfeksiyonunun moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir
  • [ X ]
    Öğe
    Çanakkale İli Ispanak Üretim Alanlarında Pancar Nekrotik Sarı Damar Virüsü (Beet Necrotic Yellow Vein Virus; BNYVV)’nün Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu
    (2019) Bağlan, Zeynep; Korkmaz, Savaş
    Ispanak önemli bir kışlık sebze olup ülkemizin her bölgesinde üretimi yapılmaktadır. Ispanaküretiminde verim ve kaliteyi etkileyen birçok hastalık etmeni vardır ve bunlar içerisindenvirüsler önemli bir yer tutmaktadır. Bu virüs hastalıklarından bir tanesi “Rhizomonia” olarakta adlandırılan Pancar nekrotik sarı damar virüsü (Beet necrotic yellow vein virus;BNYVV)’dür. BNYVV’nin ülkemizde ıspanak bitkisinde varlığı serolojik yöntemlerlebelirlenmiş ancak moleküler düzeyde bir çalışma yapılmamıştır. Bu amaçla Çanakkale’de ilve ilçe düzeyinde ıspanak yetiştiriciliği yapılan alanlara BNYVV’nin varlığını belirlemek vetanısını yapmak amacı ile 2017-2018 üretim yılında bir arazi çalışması gerçekleştirilmiştir. Buarazi çalışması kapsamında tipik virüs simptomları gösteren ıspanak bitkilerinden 66 örnekalınmıştır. Alınan örneklerdeki BNYVV varlığı virüs proteinine dayalı bir yöntem olan DASELISA testi ile belirlenmiştir. DAS-ELISA testi sonuçlarına göre 66 örneğin 12’si BNYVVile enfekteli bulunmuştur. Enfekteli bulunan örnekler içerisinden bir tanesi seçilerek(CNKSpinach39) örtü protein geni (coat protein; CP) RT-PCR ile çoğaltılmıştır. CP geniçoğaltılan izolatın RT-PCR ürünleri saflaştırılmış ve nükleotid dizileri belirlenmiştir. Eldeedilen nükleotit (nt) dizileri kullanılarak seçilen izolata ait CP geninin amino asit (aa) dizileriçıkarılmıştır. Bu nükleotid ve amino asit dizileri dünya BNYVV izolatlarının CP genlerininnükleotid ve amino asit dizileri ile karşılaştırılarak, göstermiş oldukları benzerlik oranları vefilogenetik ilişkileri saptanmıştır. Gerçekleştirilen çoklu nt ve aa temelli dizi karşılaştırmalarısonucunda CNKSpinach39 izolatının dünya izolatları ile %95-99 oranında benzerliklergösterdiği belirlenmiştir. Gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda ise CNKSpinach39izolatının B patotipinde yer aldığı tespit edilmiştir. Bu çalışma ile ülkemizde ıspanakta ilkdefa BNYVV’nin B patotipi bulunmuştur.
  • [ X ]
    Öğe
    Çanakkale İli Ispanak Üretim Alanlarındaki Hıyar Mozaik Virüsü (Cucumber Mosaic Virus; CMV) Enfeksiyonunun Belirlenmesi ve Moleküler Karakterizasyonu
    (Türkiye Fitopatoloji Derneği, 2018) Kurtoğlu, Ali; Korkmaz, Savaş
    Çanakkale ilinde ıspanak üretimi yapılan alanlarda Hıyar mozaik virüsü (Cucumber mosaic virüs; CMV) enfeksiyonunun belirlenmesi ve karakterizasyonu amacı ile 2016−2017 yılları üretim sezonunda arazi çıkışları gerçekleştirilmiştir. Yapılan arazi çıkışlarında virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 66 ıspanak örneği toplanmıştır. Toplanan örnekler CMV varlığının belirlenmesi amacıyla DAS-ELISA yöntemi ile test edilmiştir. Testlemeler sonucunda örneklerden dört tanesi CMV ile enfekteli olarak bulunmuştur. Enfekteli bulunan izolatlar arasından bir tanesi rastgele seçilerek moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Moleküler karakterizasyon çalışmaları sonucunda Çanakkale CMV ıspanak izolatı dünya CMV izolatları ile nükleotid düzeyinde %87−98 ve aminoasit düzeyinde ise %91−99 oranında benzerlik göstermiştir. Ayrıca gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda bu izolatın altgrup IA’da yer aldığı belirlenmiştir.  [EN] For the determination and characterization of Cucumber mosaic virus(CMV) infection in spinach production fields of Çanakkale province and its districts, surveys were carried out in the production season of 2016−2017. Sixty-six spinach samples showing virus and virus-like symptoms were collected. The collected spinach samples were tested by DAS-ELISA tests for the presence of CMV. Four samples out of collected sample were found to be infected by CMV in the result of DAS-ELISA tests. One isolate (CNK21) among samples infected by CMV was chosen, randomly and molecular characterization of CNK21 was performed. As a result of molecular characterization works, CNK21 isolate showed identities 87−98% and 91−99% with the World CMV isolates at nucleotide and amino acid level, respectively. In addition, CNK21 was found in subgroup IA in result of phylogenetic analyzes carried out.
  • [ X ]
    Öğe
    Çanakkale ili kanola (Brassica napus L.) üretim alanlarındaŞalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus; TuMV) enfeksiyonunun tanılanması ve karakterizasyonu
    (2016) Karanfil, Ali; Korkmaz, Savaş
    Bu çalışma 2014 üretim yılı içinde Çanakkale ili kanola üretim alanlarında yürütülmüştür. Bu amaçla kanola tarlalarına arazi çıkışları yapılarak bu bitkiler Şalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus; TuMV) açısından görsel olarak incelenmiş ve tipik olarak mozaik ve kloroz simptomları gösteren 21 bitkiden örnekler alınmıştır. Toplanan örnekler TuMV'nin varlığını belirlemek amacıyla DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleriyle test edilmiş ve testlemeler sonucunda 21 örnekten 15'i enfekteli bulunmuştur. Hastalıklı olduğu belirlenen izolatlar içerisinden tek bir örnek (CK01) seçilerek bu örneğe ait moleküler karakterizasyon çalışması yapılmıştır. Bu amaçla seçilen örneğe ait NIb+CP geninin bir kısmını içeren 1178 bç'lik RT-PCR ürünleri saflaştırılarak direkt olarak çift yönlü nükleik asit dizilimleri belirlenmiştir. Sekans analizi yapılan TuMV izolatına özgü NIb+CP genlerinin nükleotid dizilimleri gen bankasında bulunan ve dünyanın farklı üretim bölgelerinden TuMV izolatları ile karşılaştırılmıştır. Bu karşılaştırmalar sonucunda ülkemiz kanola TuMV izolatının nükleotid düzeyinde %88-93 oranında bir benzerliğe sahip olduğu bulunmuştur. Yapılan filogenetik analiz sonucunda ise bu izolatın dünyanın farklı bölgelerindeki izolatlarla farklı düzeylerde genetik ilişki gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışma ile ilk defa ülkemizde kanola bitkisinde TuMV'nin varlığı belirlenmiştir
  • [ X ]
    Öğe
    ÇANAKKALE İLİ VE İLÇELERİNDEKİ SOĞANLI SÜS BİTKİLERİNDE HIYAR MOZAİK VİRÜSÜ ENFEKSİYONUNUN SEROLOJİK VE MOLEKÜLER YÖNTEMLER İLE ARAŞTIRILMASI
    (2016) Karanfil, Ali; Soylu, Burçin; Korkmaz, Savaş
    Süs bitkileri yetiştiriciliğinde hastalık ve zararlılardan kaynaklanan çok sayıda sorun ortaya çıkmaktadır. Bu hastalıklar arasından viral kaynaklı patojenler bitkiden bitkiye mekanik yollardan kolaylıkla bulaşabilmeleri, tohum, vejetatif üretim materyali ve vektör böcekler aracılığı ile hızlı bir şekilde yayılabilmeleri ve kimyasal mücadele yönteminin bulunmaması nedeni ile diğer bitki hastalıklarına göre farklı bir öneme sahiptirler. Bu virüs hastalıklarından bir tanesi de Hıyar mozaik virüsü (Cucumber mosaic virus; CMV)'dür. CMV, Tütün mozaik virüsü'nden sonra dünyada en fazla konukçu dizisine sahip olan ikinci virüstür. Bu çalışma kapsamında Çanakkale ili ve ilçelerindeki soğanlı süs bitkilerinde (nergis, sümbül, zambak) CMV varlığı araştırılmıştır. Bu amaçla 2012-2015 yılları arasında arazi çıkışları yapılarak virüs ve virüs benzeri hastalık semptomu gösteren 128 soğanlı süs bitkisi örneği toplanmıştır. Toplanan örnekler CMV varlığı açısından serolojik bir yöntem olan DASELISA testi ve moleküler bir yöntem olan RT-PCR ile araştırılmıştır. Gerçekleştirilen deneyler sonucunda toplanan 128 örneğin 29'u (%22,65) CMV ile enfekteli olarak bulunmuştur. CMV ile enfekteli bitkilerdeki en yaygın semptomların damarlardaki renk açılmaları ve hafif mozaik belirtiler olduğu görülmüştür.
  • [ X ]
    Öğe
    Çanakkale ilinde domates lekeli solgunluk virüsünün serolojik ve biyolojik yöntemlerle saptanması
    (2006) Turhan, Pınar; Korkmaz, Savaş
    Bu çalışma, Çanakkale ilinde 2003 ve 2004 yıllarında domates üretim sezonu içinde, açık alanlarda yetiştirilen domates tarlalarında Domates lekeli solgunluk virüsü (TSVVV)'nün varlığının belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla domates ekili alanlarda bir sörvey çalışması yapılarak TSWV'ye benzer simptom gösteren bitkilerden örnekler alınmış ve ELISA ile test edilmiştir, iki yıl süresince toplam 99,2 ha alanda gözlem yapılmış ve TSWV tarafından oluşturulan simptomlara benzer simptom oluşturan bitkilerden toplam 200 örnek alınmıştır. ELISA testinde pozitif çıkan örnekler her iki yöntemi birbiriyle kıyaslamak için DTBIA yöntemi ile de testlenmiştir. Testlemeler sonucunda TSWV ile infekteli olan örnekler mekanik inokulasyon yöntemiyle indikatör bitkilere taşınmıştır. ELISA testleri sonucunda 9 örnek TSWV ile infekteli olarak bulunmuştur. ELISA testinde TSWV ile infekteli olarak bulunan örnekler DTBIA yönteminde de infekteli olarak bulunmuştur. Çalışmada DTBIA yöntemi başarıyla kullanılmış ve hastalıklı örneklerde 10X büyütmeli bir binoküler altında nitroselüloz membran üzerinde tipik pembemsi-kırmızımsı renk oluşumları gözlenmiştir.
  • [ X ]
    Öğe
    Çanakkale ilinde Karnabahar mozaik virüsü (Cauliflower mosaic virus; CaMV) izolatlarının tanılanması ve karakterizasyonu
    (2014) Tuzlalı, Hasan Tuna; Korkmaz, Savaş
    Bu çalışmada Çanakkale ili ve ilçelerinde 2010-2011 üretim yılları içinde bir sörvey çalışması yürütülerek Karnabahar mozaik virüsü (Cauliflower mosaic virus, CaMV)ne benzer semptom gösteren karnabahar ve lahana bitkilerinden 84 örnek toplanmıştır. Toplanan örnekler CaMVnin varlığını belirlemek amacıyla DAS-ELISA yöntemiyle test edilmiştir. DAS-ELISA testi sonucunda 84 örnekten 63ü CaMV ile infekteli bulunmuştur. İnfekteli bulunan örnekler içerisinden seçilen 6 izolatın moleküler özelliklerini belirlemek amacıyla kılıf protein (CP) genleri klonlanarak nükleik asit dizilimleri belirlenmiştir. Klonlama ve sekans analizi yapılan CaMV izolatlarına özgü nükleotid dizilimleri gen bankasında bulunan ve dünyanın farklı üretim bölgelerinden CaMV izolatlarının kılıf protein genleriyle karşılaştırılmıştır. Bu karşılaştırmalar sonucunda Çanakkale izolatlarının CP nükleotid dizilimlerinin kendi içinde % 93-100, dünya izolatları ile % 92-97 oranında bir benzerliğe sahip olduğu bulunmuştur. Yapılan filogenetik analizler sonucunda Çanakkale izolatlarının dünyanın farklı bölgelerindeki izolatlarla farklı düzeylerde ilişki gösterdiği saptanmıştır.
  • [ X ]
    Öğe
    Çanakkale İlinde Leek yellow stripe virus Enfeksiyonunun Güncel Durumu ve İki farklı Gen Bölgesine Göre Kısmi Moleküler Karakterizasyonu
    (2020) Sarı, Merve; Karanfil, Ali; Korkmaz, Savaş
    Pırasa sarı çizgi virüsü (Leek yellow stripe virus, LYSV) pırasa tarımında ekonomik kayıplara neden olan en önemli viral hastalık etmenlerinden birisidir. Ülkemizin farklı illeri ve bölgelerinden LYSV’nin varlığı bugüne kadar yapılan birçok çalışmada bildirilmiştir. Ancak, yapılan bu çalışmalar virüsün tespiti ve kılıf protein (Coat Protein; CP) geninin moleküler karakterizasyonuna yöneliktir. Ayrıca etmenin enfeksiyonu yıldan yıla değişkenlik gösterebilmektedir. Bu nedenlerle virüsün güncel enfeksiyon durumun belirlenmesi ve iki farklı gen bölgesine göre virüsün kısmi moleküler karakterizasyonunun yapılması amacıyla bu çalışma planlanmıştır. Bu amaçla, 2019 yılında Çanakkale’nin 3 ilçesinde (Merkez, Ezine ve Ayvacık) arazi çalışmaları yapılarak virüs ve virüs benzeri belirti gösteren 35 pırasa bitkilerinden örnekler alınmıştır. Alınan örnekler double antibody sandwich-enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) ile LYSV varlığı açısından testlenmiş ve 32 tanesinin enfekteli olduğu bulunmuştur. Enfekteli bulunan örnekler içerisinden 2, daha önce yapılan bir çalışmadan (Korkmaz ve Çevik, 2009) elde edilen örneklerden de 2 tane olmak üzere toplam 4 örneğin nüklear inclusion b (Nuclear Inclusion b; NIb) ve CP gen bölgesi çoğaltılıp dizilenerek kısmi moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Yapılan çoklu dizi analizleri sonucunda Çanakkale LYSV izolatlarının her iki gen bölgesine göre de birbirleri ile %90’ın üzerinde dizi benzerliği gösterdiği tespit edilmiştir. Filogenetik analizler sonucunda ise özellikle NIb bölgesine göre Çanakkale LYSV izolatlarının birbirleri ile yakın ilişkili olduğu belirlenmiştir.
  • [ X ]
    Öğe
    Çanakkale İlinde Rose Yellow Vein Virus Etmeninin Tespiti ve Genetik Çeşitliliği
    (2021) Kısa, Nazlı; Korkmaz, Savaş
    Ülkemizin hemen hemen her bölgesinde güller doğal olarak yetişmekte veya üretimi yapılmaktadır. Güllerde enfeksiyon oluşturan çok sayıda virüs hastalığı vardır ve bunlardan bir tanesi de gül sarı damar virüsü (rose yellow vein virüs; RYVV)’dür. RYVV Caulimoviridae familyası içinde Rosadnavirus cinsine ait bir virüstür. Virüs, 9.314 nükleotitten oluşan ssDNA (+) genomuna sahiptir. Etmen ülkemiz için yeni bir virüs olup karakterizasyonu tam olarak yapılmamıştır. Bu amaçla 2018-2019 yıllarında Çanakkale ilinde virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 71 gül örneği toplanmıştır. Toplanan örnekler PCR ile kılıf protein genine spesifik primer çifti (RYVV-F1 5'-CGAGA TTAAC GAAAT GGAC-3'and RYVV R1 5'-CGTAC TCTTT CTTGG CTT-3') ile testlenmiştir. Testlemeler sonucunda 71 örneğin 19’u enfekteli olarak bulunmuştur. Enfekteli izolatlardan biri seçilerek ilgilenilen hareket proteini (movement protein; MP) ve kılıf proteini (coat protein; CP) gen bölgelerinin tamamı PCR ile amplifiye edilmiştir. Elde edilen PCR ürünleri kullanılarak seçilen izolata ait amplifiye edilmiş olan MP ve CP genlerinin nükleotid dizileri belirlenmiştir. Elde edilen RYVV MP ve CP genlerine ait nükleotit dizilimleri kullanılarak, amino asit dizilimleri çıkarılmıştır. Yapılan nükleotid ve amino asit temelli çoklu dizi karşılaştırmaları sonucunda Çanakkale RYVV izolatı ile dünya izolatları arasında nükleotid düzeyinde %96-98, amino asit düzeyinde %98-99 oranlarında benzerlik olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca filogenetik analizler sonucunda Çanakkale RYVV izolatı ile dünya izolatlarının ilişkileri ortaya konmuştur. Bu çalışma ile ülkemizde ilk defa RYVV Çanakkale izolatının iki gen bölgesine göre moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir.
  • [ X ]
    Öğe
    Çanakkale ve Tekirdağ İlleri Kanola Üretim Alanlarında Önemli Virüs Hastalıklarının Tanılanması ve Karakterizasyonu
    (2020) Karanfil, Ali; Korkmaz, Savaş
    Amaç: Bu çalışma Çanakkale ve Tekirdağ illeri kanola üretim alanlarındaki bazı virüshastalıklarının tespiti ve moleküler karakterizasyonu amacı ile yürütülmüştür.Materyal ve Metot: Kanola bitkileri görsel olarak incelenmiş, virüs ve virüs-benzerisimptom gösteren bitkilerden örnekler toplanmıştır. Toplanan örnekler turnip mosaicvirus (TuMV), cucumber mosaic virus (CMV) ve cauliflower mosaic virus (CaMV)’ünvarlığının belirlenmesi amacı ile DAS-ELISA ile testlenmiştir. Enfekteli bulunanlariçerisinden her bir virüs için 2 izolat seçilerek RT-PCR ile istenilen gen bölgeleri kısmiolarak çoğaltılmış, klonlanmış ve dizilenmiştir. Elde edilen dizileme verileri kullanılarakçoklu dizi ve filogenetik analizler gerçekleştirilmiştir.Bulgular: Testlemeler sonucunda 16 örnek TuMV ile 3 örnek ise CMV ile enfekteliolarak bulunmuştur. Bir örnekte ise CMV ve TuMV karışık enfeksiyonu tespit edilmiştir.Toplanan örneklerin hiçbirisinde CaMV enfeksiyonuna rastlanılmamıştır. İzolatlarınmoleküler karakterizasyonları sonucunda TuMV izolatlarının dünya izolatları ile %80-94 ve 90-98, CMV izolatlarının ise %77-98 ve 82-100 oranında sırası ile nükleotit veamino asit düzeyinde benzerlikler gösterdiği tespit edilmiştir. Filogenetik analizlersonucunda ise TuMV izolatlarının Asian BR ve CMV izolatlarının ise IA gruplarında yeraldığı belirlenmiştir.Sonuç: Gerçekleştirilen bu çalışma ile kanola üretim alanlarında TuMV ve CMVenfeksiyonu tespit edilerek çoğaltılan kısmi gen bölgeleri moleküler olarak karakterizeedilmiştir.
  • [ X ]
    Öğe
    Detection of Cucumismeloendornavirus Infection in South Marmara Region of Turkey and Molecular Characterization of Isolates
    (Mevlüt AKÇURA, 2023) Karanfil, Ali; Zelyüt, Filiz Randa; Korkmaz, Savaş
    Cucumis melo endornavirus (CmEV) is one of the viral diseases that cause infection in cucurbits in recent years. The virus has been detected in a limited area in Turkey, and no study has been conducted on the causal agent's presence and genetic diversity in other production regions. This study was conducted in this context to find out the presence of CmEV infection in the Southern Marmara region, as well as their genetic diversity. Seventy-one samples showing virus and virus-like symptoms were collected from the cucurbit cultivation fields in the provinces forming the Southern Marmara region. Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) was used to analyze the samples using a gene-specific primer. The testing revealed that CmEV was present in 31 of the samples that were collected. Melon, zucchini, watermelon, cucumber, and gherkins are among the cucurbit species where the infection has been found. CmEV infection detected in cucumber and zucchini plants is a new host report for Turkey, and CmEV infection detected in watermelon plants is a new host report for the world. As a result of the molecular characterization of 6 isolates selected from among the isolates obtained, it was determined that the isolates generally showed sequence similarity of 91% and above at the nucleotide and amino acid levels. As a result of the phylogenetic analysis, it was seen that most of the Turkish isolates were in a different phylogenetic group from the world isolates. With this study, it was determined that the areas and cucurbit species in which CmEV detected increased in Turkey
  • [ X ]
    Öğe
    Detection of Lettuce mosaic virus infection in South Marmara Region of Turkey and coat protein gene characterization
    (Lithuanian Research Centre Agriculture & Forestry, 2018) Karanfil, Ali; Cevik, Bayram; Korkmaz, Savaş
    Lettuce mosaic virus (LMV) is considered as the most destructive virus disease of lettuce. The presence of LMV was detected and LMV isolates were comprehensively characterized at molecular level in different parts of the world. While LMV infection was reported several times in different regions of Turkey, molecular characterization of LMV isolates lagged behind in Turkey compared to other regions of the world. For this purpose, surveys were carried out in Canakkale, Balikesir and Bursa provinces, and their districts which constitute South Marmara Region of Turkey in 2013-2015 lettuce cultivation seasons. A total of 307 samples were collected from lettuce plants showing symptoms of viral infection similar to LMV. The collected samples were tested with double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) to determine the presence of LMV. As a result of the tests, 35 of the 307 samples were infected with LMV. Out of 35 infected samples, 15 were selected considering the provinces and their districts where they were collected for further characterization. The coat protein (CP) genes of selected isolates were amplified with reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) to determine the sequence variation in the CP gene of Turkish isolates. RT-PCR amplified CP genes of LMV isolates were cloned and sequenced. Similarity rates and phylogenetic relationships of South Marmara Region LMV isolates with each other and world LMV isolates obtained from GenBank databases were determined. The results showed that, identity rates of South Marmara Region LMV isolates were 96-100% and 89-99% at nucleotide level, and 97-100% and 93-100% at amino acid level among each other and with world isolates, respectively. In addition, phylogenetic analyses revealed that South Marmara Region LMV isolates were in the LMV-RoW (Rest of the World) group.
  • [ X ]
    Öğe
    Determination of Beet Necrotic Yellow Vein Virus Infection from Spinach Fields of South Marmara Region in Türkiye
    (Uğur ÇAKILCIOĞLU, 2024) Karanfil, Ali; Zelyut, Dr. Öğr. Üyesi Filiz Randa; Korkmaz, Savaş
    Spinach (Spinacia oleracea L.) is a major winter vegetable, produced and consumed in large quantities both globally and in Türkiye. Its cultivation faces significant economic losses due to various fungal, bacterial, and viral diseases, with viral infections being particularly critical due to the lack of effective chemical control measures. One of the major viral threats to spinach is Benyvirus necrobetae (beet necrotic yellow vein virus; BNYVV), the causal agent of "Rhizomania" disease. Although the presence of BNYVV has been documented in several production regions in Türkiye, its status in the spinach-growing areas of Bursa and Balıkesir provinces remains unclear. To address this gap, field surveys were conducted, and 83 spinach plants showing virus-like symptoms were sampled from the Southern Marmara provinces of Çanakkale, Balıkesir, and Bursa. The samples were tested for BNYVV using double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) with BNYVV-specific antisera. The serological results were further validated by reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) using BNYVV-specific primers. The findings confirmed the presence of BNYVV in all sampled provinces, with 26 out of 83 samples testing positive, indicating an infection rate of 31.32%. These results suggest that BNYVV infection is widespread in spinach cultivation areas of the Southern Marmara Region. Future research should focus on identifying virus isolates at the pathotype level and exploring their interactions with the fungal vector Polymyxa betae (Keskin).