Çanakkale ilinde Karnabahar mozaik virüsü (Cauliflower mosaic virus; CaMV) izolatlarının tanılanması ve karakterizasyonu

Bu çalışmada Çanakkale ili ve ilçelerinde 2010-2011 üretim yılları içinde bir sörvey çalışması yürütülerek Karnabahar mozaik virüsü (Cauliflower mosaic virus, CaMV)ne benzer semptom gösteren karnabahar ve lahana bitkilerinden 84 örnek toplanmıştır. Toplanan örnekler CaMVnin varlığını belirlemek amacıyla DAS-ELISA yöntemiyle test edilmiştir. DAS-ELISA testi sonucunda 84 örnekten 63ü CaMV ile infekteli bulunmuştur. İnfekteli bulunan örnekler içerisinden seçilen 6 izolatın moleküler özelliklerini belirlemek amacıyla kılıf protein (CP) genleri klonlanarak nükleik asit dizilimleri belirlenmiştir. Klonlama ve sekans analizi yapılan CaMV izolatlarına özgü nükleotid dizilimleri gen bankasında bulunan ve dünyanın farklı üretim bölgelerinden CaMV izolatlarının kılıf protein genleriyle karşılaştırılmıştır. Bu karşılaştırmalar sonucunda Çanakkale izolatlarının CP nükleotid dizilimlerinin kendi içinde % 93-100, dünya izolatları ile % 92-97 oranında bir benzerliğe sahip olduğu bulunmuştur. Yapılan filogenetik analizler sonucunda Çanakkale izolatlarının dünyanın farklı bölgelerindeki izolatlarla farklı düzeylerde ilişki gösterdiği saptanmıştır.