Yazar "Karanfil, Ali" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 20 / 39
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Balıkesir ve Uşak İlleri Tütün Ekim AlanlarındaPotyvirus İzolatlarının Belirlenmesi ve Karakterizasyonu(2022) Zelyüt, Filiz Randa; Karanfil, Ali; Korkmaz, SavaşTütünlerde enfeksiyona neden olan çok sayıda viral etmen mevcuttur. Bunlar arasından potyvirüsler oldukça yaygın olup, tütünlerde enfeksiyonlar meydana getiren en önemli üyelerinden bir tanesi de Patato virus Y (PVY)’dir. Ülkemizde ise potyvirus ve PVY izolatlarının tütün üretim alanlarındaki enfeksiyonuna yönelik çalışmalar oldukça sınırlıdır. Gerçekleştirilen bu çalışma kapsamında Balıkesir ve Uşak illeri tütün üretim alanlarından simptomatik 71 örnek alınmıştır. Alınan örnekler potyvirus dejenere primerleri kullanırak RT-PCR yöntemi ile testlenmiştir. Testlemeler sonucunda 10 örnekte potyvirus enfeksiyonu tespit edilmiştir. Elde edilen potyvirus izolatlarının tür düzeyinde tanılanması amacı ile yapılan dizileme çalışmaları sonucunda 9 PVY izolatı belirlenmiştir. Bir izolat ise tam olarak tür düzeyinde tanılanamamakla birlikte Leek yellow stripe virus (LYSV) izolatları ile % 75’e kadar benzerlik göstermiştir. PVY İzolatlarının benzerlik analizleri sonucunda genel olarak kendi içlerinde yüksek oranda dizi homolojisi gösterdiği belirlenmiştir. Filogenetik analizler sonucunda 7 izolat N streynleri ile kümelenirken, 2 izolat ise rekombinasyon göstermeyen izolatların dışında kaldığı saptanmıştır.Öğe Bamya bitkisinde Şalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus)’nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu(2019) Karanfil, Ali; Korkmaz, Savaş[Abstract Not Available]Öğe Batı Anadolu Bölgesi Kereviz Üretim Alanlarında Celery Mosaic Virus İzolatlarının Genetik Çeşitliliğinin Belirlenmesi(2021) Karanfil, Ali; Sarı, MerveKereviz üretimi yapılan tüm ülkelerde olduğu gibi ülkemizde de kereviz üretiminde verim ve kaliteyi etkileyen faktörlerin başında virüs ve virüs benzeri hastalıklar gelmektedir. Bu hastalıklardan bir tanesi de celery mosaic virus (CeMV)?dır. CeMV dünyada ilk kez 1935 yılında ABD?den bildirilmiş olup, diğer ülkelerdeki varlığı ise son derece sınırlıdır. CeMV enfeksiyonu bilinen ülkelerden bir tanesi de ülkemizdir. Etmenin ülkemiz kereviz üretim alanlarındaki varlığı ilk kez 2019 yılında Çanakkale ilinden bildirilmiştir. Etmenin enfeksiyonunun oldukça az sayıda ülkeden bildirilmesine paralel olarak da CeMV?nin genetik çeşitliliğine yönelik dünyada yapılmış bir çalışma bulunmamaktadır. Bu bağlamda etmenin ülkemiz kereviz üretim alanlarındaki yaygınlığı ve genetik çeşitliliğinin ne olduğu bilinmemektedir. Bu bağlamda Batı Anadolu bölgesi kereviz üretim alanlarında arazi çalışmaları gerçekleştirilerek, virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 217 bitkiden örnekler alınmıştır. Alınan örnekler CeMV enfeksiyonu açısından RT-PCR ile testlenmiştir. Testlemeler sonucunda örneklerin 109 tanesinde CeMV enfeksiyonu tespit edilmiştir. Enfekteli bulunanlar içerisinden 10 tanesi seçilerek kılıf protein genine göre moleküler karakterizasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmalar sonucunda Türk izolatlarının genel olarak hem nükleotit hem de amino asit düzeyinde genel olarak birbirleri ile %96?nin üstünde sekans benzerliğine sahip olduğu görülmüştür. Dünya izolatları ile gerçekleştirilen çoklu dizi karşılaştırmalarında izolatların birbirleri ile Almanya izolatı hariç oldukça benzer olduğu ve genel olarak benzerlik oranının %97?nin üstünde olduğu belirlenmiştir. Gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda ise CeMV izolatlarının coğrafik orijin temelli olarak Türk izolatlarının dünya izolatlarından ayrı bir grup oluşturduğu görülmüştür. Ülkemiz orijinli ilk CeMV izolatlarının protein kodlayan gen bölgelerinin tamamının ortaya çıkarılması sonucunda polyprotein ve gen bölgelerine göre Türk ve dünya izolatlarının genel olarak birbirleri %95 ve üzeri sekans benzerliği gösterdiği belirlenmiştir. Ayrıca filogenetik analizler sonucunda da iki Türk izolatının birbirleri ile oldukça yakın ilişkili olduğu görülmüştür. Ayrıca bu çalışma kapsamında ülkemizde ilk kez maydanoz bitkilerinde apium virus Y enfeksiyonu tespit edilmiştir. Gerçekleştirilen bu çalışma ile Batı Anadolu bölgesi kereviz üretim alanlarında CeMV enfeksiyonunun yaygın olduğu ve genetik olarak Türk izolatların birbirleri ile oldukça yakın ilişkili olduğu bulunmuştur.Öğe Çanakkale İli Bağ Alanlarında Grapevine Fanleaf Virus İzolatlarının Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu(2024) Şirin, Ayşenur; Karanfil, Ali; Korkmaz, SavaşBağ alanlarında verim ve kaliteyi düşüren en önemli faktörlerin başında hastalık ve zararlılar gelmektedir. Bunların içerisinde mücadelenin zor olması nedeni ile virüs hastalıkları büyük bir öneme sahiptir. Bağ alanlarında gerçekleştirilen çalışmalar neticesinde çok sayıda virüs hastalığı tanımlanmıştır. Bu virüs hastalıklarından bir tanesi de grapevine fanleaf virus (GFLV)’dur. GFLV ile ilgili olarak ülkemizde çok sayıda çalışma yapılmasına rağmen, çalışmaların büyük bir kısmı virüsün tespitine yönelik olmuştur. Bu çalışma etmenin tespiti ve izolatlarının moleküler karakterizasyonu amacı ile yürütülmüştür. Bu amaçla Çanakkale ili ve ilçeleri bağ üretim alanlarında virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 60 bitkiden örnekler alınarak GFLV spesifik primer çifti ile ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) kullanılarak testlenmiştir. Gerçekleştirilen testlemeler sonucunda toplanılan örneklerin 34’ünde GFLV enfeksiyonu tespit edilmiştir. Toplanılan örneklerdeki GFLV enfeksiyon oranı ise %56.66 olmuştur. Enfekteli örneklerde en dikkat çeken simptom tipi yapraklardaki sarımtrak klorozlar ve yaprak deformasyonları olarak belirlenmiştir. İzolatların moleküler karakterizasyonu amacı ile enfekteli olarak bulunan örneklerden elde edilen 4 izolat seçilerek kendi içlerinde ve dünya izolatları ile CP gen bölgesine göre göstermiş oldukları benzerlik ve filogenetik ilişkileri araştırılmıştır. Moleküler karakterizasyon çalışmaları sonucunda Türk ve dünya izolatlarının birbirleri ile %85 ve üzeri sekans benzerliği gösterdiği saptanmıştır. Filogenetik analizler sonucunda ise Türk izolatlarının iki farklı gruba dağılım gösterdiği belirlenmiştir.Öğe Çanakkale ili börülce üretim alanlarında Hıyar mozaik virüsü (Cucumber mosaic virus; CMV)’nün tespiti ve kılıf protein genine göre moleküler karakterizasyonu(2017) Karanfil, Ali; Korkmaz, SavaşBu çalışma kapsamında 2015-2016 yıllarında Çanakkale ilinin börülce ve fasulye yetiştiriciliği yapılan alanlarına arazi çıkışları yapılarak virüs ve virüs benzeri belirtiler gösteren 14 fasulye, 8 börülce olmak üzere toplam 22 bitkiden örnekler alınmıştır. Toplanan örnekler Hıyar mozaik virüsü (Cucumber mosaic virus; CMV) varlığını belirlemek için DAS-ELISA ile testlenmiş ve 6 örnek CMV ile enfekteli bulunmuştur. Enfekteli bulunan tüm örnekler börülce bitkisinden elde edilirken, fasulye bitkilerinde enfeksiyon tespit edilememiştir. Elde edilen CMV izolatlarının kılıf protein (CP) gen bölgesi, gen spesifik primerler kullanılarak çoğaltılmış ve izolatların tamamında 638 bp büyüklükte CP genine spesifik ürün elde edilmiştir. CMV izolatları arasından CWP17 tesadüfi olarak seçilerek RT-PCR ürünleri purifiye edilmiş ve kısmi baz dizisi analizi gerçekleştirilmiştir. CWP17 izolatına ait sekans verisi KY474380 erişim numarası ile gen bankasına kaydedilmiştir. Gerçekleştirilen çoklu dizi analizleri sonucunda CWP17 izolatının dünya CMV izolatları ile nükleotid düzeyinde %80-99, aminoasit düzeyinde ise %90-100 benzerlik gösterdiği saptanmıştır. Oluşturulan filogenetik ağaçlar ile de CWP17 izolatının alt grup IB'de yer aldığı belirlenmiştir. Gerçekleştirilen bu çalışma ile Türkiye'de ilk defa CMV enfeksiyonu ticari börülce üretim alanlarında tespit edilmiştir. Ayrıca ülkemizde ilk kez baklagil üretim alanlarında CMV enfeksiyonunun moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştirÖğe Çanakkale ili kanola (Brassica napus L.) üretim alanlarındaŞalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus; TuMV) enfeksiyonunun tanılanması ve karakterizasyonu(2016) Karanfil, Ali; Korkmaz, SavaşBu çalışma 2014 üretim yılı içinde Çanakkale ili kanola üretim alanlarında yürütülmüştür. Bu amaçla kanola tarlalarına arazi çıkışları yapılarak bu bitkiler Şalgam mozaik virüsü (Turnip mosaic virus; TuMV) açısından görsel olarak incelenmiş ve tipik olarak mozaik ve kloroz simptomları gösteren 21 bitkiden örnekler alınmıştır. Toplanan örnekler TuMV'nin varlığını belirlemek amacıyla DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleriyle test edilmiş ve testlemeler sonucunda 21 örnekten 15'i enfekteli bulunmuştur. Hastalıklı olduğu belirlenen izolatlar içerisinden tek bir örnek (CK01) seçilerek bu örneğe ait moleküler karakterizasyon çalışması yapılmıştır. Bu amaçla seçilen örneğe ait NIb+CP geninin bir kısmını içeren 1178 bç'lik RT-PCR ürünleri saflaştırılarak direkt olarak çift yönlü nükleik asit dizilimleri belirlenmiştir. Sekans analizi yapılan TuMV izolatına özgü NIb+CP genlerinin nükleotid dizilimleri gen bankasında bulunan ve dünyanın farklı üretim bölgelerinden TuMV izolatları ile karşılaştırılmıştır. Bu karşılaştırmalar sonucunda ülkemiz kanola TuMV izolatının nükleotid düzeyinde %88-93 oranında bir benzerliğe sahip olduğu bulunmuştur. Yapılan filogenetik analiz sonucunda ise bu izolatın dünyanın farklı bölgelerindeki izolatlarla farklı düzeylerde genetik ilişki gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışma ile ilk defa ülkemizde kanola bitkisinde TuMV'nin varlığı belirlenmiştirÖğe ÇANAKKALE İLİ VE İLÇELERİNDEKİ SOĞANLI SÜS BİTKİLERİNDE HIYAR MOZAİK VİRÜSÜ ENFEKSİYONUNUN SEROLOJİK VE MOLEKÜLER YÖNTEMLER İLE ARAŞTIRILMASI(2016) Karanfil, Ali; Soylu, Burçin; Korkmaz, SavaşSüs bitkileri yetiştiriciliğinde hastalık ve zararlılardan kaynaklanan çok sayıda sorun ortaya çıkmaktadır. Bu hastalıklar arasından viral kaynaklı patojenler bitkiden bitkiye mekanik yollardan kolaylıkla bulaşabilmeleri, tohum, vejetatif üretim materyali ve vektör böcekler aracılığı ile hızlı bir şekilde yayılabilmeleri ve kimyasal mücadele yönteminin bulunmaması nedeni ile diğer bitki hastalıklarına göre farklı bir öneme sahiptirler. Bu virüs hastalıklarından bir tanesi de Hıyar mozaik virüsü (Cucumber mosaic virus; CMV)'dür. CMV, Tütün mozaik virüsü'nden sonra dünyada en fazla konukçu dizisine sahip olan ikinci virüstür. Bu çalışma kapsamında Çanakkale ili ve ilçelerindeki soğanlı süs bitkilerinde (nergis, sümbül, zambak) CMV varlığı araştırılmıştır. Bu amaçla 2012-2015 yılları arasında arazi çıkışları yapılarak virüs ve virüs benzeri hastalık semptomu gösteren 128 soğanlı süs bitkisi örneği toplanmıştır. Toplanan örnekler CMV varlığı açısından serolojik bir yöntem olan DASELISA testi ve moleküler bir yöntem olan RT-PCR ile araştırılmıştır. Gerçekleştirilen deneyler sonucunda toplanan 128 örneğin 29'u (%22,65) CMV ile enfekteli olarak bulunmuştur. CMV ile enfekteli bitkilerdeki en yaygın semptomların damarlardaki renk açılmaları ve hafif mozaik belirtiler olduğu görülmüştür.Öğe Çanakkale İlinde Leek yellow stripe virus Enfeksiyonunun Güncel Durumu ve İki farklı Gen Bölgesine Göre Kısmi Moleküler Karakterizasyonu(2020) Sarı, Merve; Karanfil, Ali; Korkmaz, SavaşPırasa sarı çizgi virüsü (Leek yellow stripe virus, LYSV) pırasa tarımında ekonomik kayıplara neden olan en önemli viral hastalık etmenlerinden birisidir. Ülkemizin farklı illeri ve bölgelerinden LYSV’nin varlığı bugüne kadar yapılan birçok çalışmada bildirilmiştir. Ancak, yapılan bu çalışmalar virüsün tespiti ve kılıf protein (Coat Protein; CP) geninin moleküler karakterizasyonuna yöneliktir. Ayrıca etmenin enfeksiyonu yıldan yıla değişkenlik gösterebilmektedir. Bu nedenlerle virüsün güncel enfeksiyon durumun belirlenmesi ve iki farklı gen bölgesine göre virüsün kısmi moleküler karakterizasyonunun yapılması amacıyla bu çalışma planlanmıştır. Bu amaçla, 2019 yılında Çanakkale’nin 3 ilçesinde (Merkez, Ezine ve Ayvacık) arazi çalışmaları yapılarak virüs ve virüs benzeri belirti gösteren 35 pırasa bitkilerinden örnekler alınmıştır. Alınan örnekler double antibody sandwich-enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) ile LYSV varlığı açısından testlenmiş ve 32 tanesinin enfekteli olduğu bulunmuştur. Enfekteli bulunan örnekler içerisinden 2, daha önce yapılan bir çalışmadan (Korkmaz ve Çevik, 2009) elde edilen örneklerden de 2 tane olmak üzere toplam 4 örneğin nüklear inclusion b (Nuclear Inclusion b; NIb) ve CP gen bölgesi çoğaltılıp dizilenerek kısmi moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Yapılan çoklu dizi analizleri sonucunda Çanakkale LYSV izolatlarının her iki gen bölgesine göre de birbirleri ile %90’ın üzerinde dizi benzerliği gösterdiği tespit edilmiştir. Filogenetik analizler sonucunda ise özellikle NIb bölgesine göre Çanakkale LYSV izolatlarının birbirleri ile yakın ilişkili olduğu belirlenmiştir.Öğe Çanakkale ilinde marul mozaik virüsü (Lettuce mosaic virus; LMV) izolatlarının tanılanması ve karakterizasyonu(Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, 2014) Karanfil, Ali; Korkmaz, SavaşBu çalışma kapsamında marul yetiştiriciliği yapılan Çanakkale ili ve ilçelerinde sörveyler yürütülerek Marul mozaik virüsü (Lettuce mosaic virus; LMV)'ne benzer simptom gösteren bitkilerden büyük bir kısmı 2013-2014 üretim sezonuna ait olmak üzere toplam 77 örnek alınmıştır. Toplanan örnekler LMV'nin varlığını belirlemek amacı ile DAS-ELISA ile testlenmiştir. Yapılan testler sonucunda 77 örnekten 13 tanesi LMV ile enfekteli bulunmuştur. Enfekteli bulunan örnekler içerisinden 9 tanesi elde edildikleri bölgeler göz önünde bulundurularak seçilmiş ve moleküler özelliklerinin belirlenmesi amacı ile RT-PCR analizleri yapılarak, kılıf protein (CP) genleri klonlanmıştır. Klonlanan bu izolatların CP genlerinin dizilimleri çıkarılarak nükleotid ve amino asit dizilimleri ortaya konmuştur. Elde edilen nükleotid ve amino asit dizilimleri kullanılarak LMV izolatlarının kendi aralarında ve dünyadaki diğer LMV izolatları ile benzerlik oranları ve filogenetik ilişkileri ortaya konmuştur. Çalışmalar sonucunda Çanakkale LMV izolatları nükleotid dizilimleri bakımından kendi aralarında % 97-100, dünya izolatları ile % 88-100, amino asit dizilimleri bakımından ise kendi aralarında % 95-100, dünya izolatları ile % 91-100 oranlarında benzerlik göstermiştir. Ayrıca filogenetik analizler sonucunda Çanakkale LMV izolatlarının birbirleri ve dünya izolatları ile farklı düzeylerde ilişkili olduğu ortaya konmuştur.Öğe Çanakkale ve Tekirdağ İlleri Kanola Üretim Alanlarında Önemli Virüs Hastalıklarının Tanılanması ve Karakterizasyonu(2020) Karanfil, Ali; Korkmaz, SavaşAmaç: Bu çalışma Çanakkale ve Tekirdağ illeri kanola üretim alanlarındaki bazı virüshastalıklarının tespiti ve moleküler karakterizasyonu amacı ile yürütülmüştür.Materyal ve Metot: Kanola bitkileri görsel olarak incelenmiş, virüs ve virüs-benzerisimptom gösteren bitkilerden örnekler toplanmıştır. Toplanan örnekler turnip mosaicvirus (TuMV), cucumber mosaic virus (CMV) ve cauliflower mosaic virus (CaMV)’ünvarlığının belirlenmesi amacı ile DAS-ELISA ile testlenmiştir. Enfekteli bulunanlariçerisinden her bir virüs için 2 izolat seçilerek RT-PCR ile istenilen gen bölgeleri kısmiolarak çoğaltılmış, klonlanmış ve dizilenmiştir. Elde edilen dizileme verileri kullanılarakçoklu dizi ve filogenetik analizler gerçekleştirilmiştir.Bulgular: Testlemeler sonucunda 16 örnek TuMV ile 3 örnek ise CMV ile enfekteliolarak bulunmuştur. Bir örnekte ise CMV ve TuMV karışık enfeksiyonu tespit edilmiştir.Toplanan örneklerin hiçbirisinde CaMV enfeksiyonuna rastlanılmamıştır. İzolatlarınmoleküler karakterizasyonları sonucunda TuMV izolatlarının dünya izolatları ile %80-94 ve 90-98, CMV izolatlarının ise %77-98 ve 82-100 oranında sırası ile nükleotit veamino asit düzeyinde benzerlikler gösterdiği tespit edilmiştir. Filogenetik analizlersonucunda ise TuMV izolatlarının Asian BR ve CMV izolatlarının ise IA gruplarında yeraldığı belirlenmiştir.Sonuç: Gerçekleştirilen bu çalışma ile kanola üretim alanlarında TuMV ve CMVenfeksiyonu tespit edilerek çoğaltılan kısmi gen bölgeleri moleküler olarak karakterizeedilmiştir.Öğe 'Candidatus Phytoplasma solani' (Subgroup 16SrXII-A) Associated with Nicotiana tabacum Leaf Abnormality in Turkey(Univ Namik Kemal, 2022) Zelyut, Filiz Randa; Santosa, Adyatma Irawan; Karanfil, AliTobacco (Nicotiana tabacum) is among the agricultural products with the highest added value in Turkey. Although frequently associated with its negative effects on human health, it also provides important contributions to the Turkish economy with the employment it creates in rural areas and continues to be a strategic product. Many postgraduate theses and studies related to the sociological and economic importance of the production of this plant, which is of great importance for our country, have been carried out. However, there are very limited studies on plant diseases in tobacco production areas in Turkey. Phytoplasma is one of the important plant pathogens that cause yield loss in tobacco. Since available data on phytoplasma diseases on tobacco was very scarce worldwide, field surveys to collect samples showing phytoplasma infection-like symptoms such as yellowish color changes, leaf blisters, proliferation, dwarfism, and other physical abnormalities were carried out in canakkale and Balikesir provinces of Turkey from June to August 2021. The presence of phytoplasmas in six samples was confirmed by 16S ribosomal DNA amplification by nested-PCR using universal phytoplasma primer sets, which also suggested the pathogen associated with the symptoms on tobacco. According to phylogenetic study and virtual-RFLP analysis using AluI and MseI endonuclease enzymes, the six Turkish tobacco phytoplasma strains all belong to group 16SrXII and have more than 99% nucleotide sequence identity with some members of 'Candidatus Phytoplasma solani' of the taxonomic subgroup 'stolbur' (16SrXII-A). Genetic distances analysis indicated that group 16SrI was more closely related to 16SrXII than 16SrVI, in agreement with the groups clustering in the phylogenetic tree. Neutrality tests found that 16SrI and 16SrXII groups are experiencing expanding or bottleneck selections, probably due to new mutations in the 16S rRNA gene fragment. Meanwhile, 16SrVI populations are shown to be undergoing balancing selections, indicating that its isolates have evolved for a long time.Öğe ‘Candidatus Phytoplasma solani’ (Subgroup 16SrXII-A) Associated with Nicotiana tabacum Leaf Abnormality in Turkey(Namik Kemal University - Agricultural Faculty, 2022) Zelyüt, Filiz Randa; Santosa, Adyatma Irawan; Karanfil, AliTobacco (Nicotiana tabacum) is among the agricultural products with the highest added value in Turkey. Although frequently associated with its negative effects on human health, it also provides important contributions to the Turkish economy with the employment it creates in rural areas and continues to be a strategic product. Many postgraduate theses and studies related to the sociological and economic importance of the production of this plant, which is of great importance for our country, have been carried out. However, there are very limited studies on plant diseases in tobacco production areas in Turkey. Phytoplasma is one of the important plant pathogens that cause yield loss in tobacco. Since available data on phytoplasma diseases on tobacco was very scarce worldwide, field surveys to collect samples showing phytoplasma infection-like symptoms such as yellowish color changes, leaf blisters, proliferation, dwarfism, and other physical abnormalities were carried out in Çanakkale and Balıkesir provinces of Turkey from June to August 2021. The presence of phytoplasmas in six samples was confirmed by 16S ribosomal DNA amplification by nested-PCR using universal phytoplasma primer sets, which also suggested the pathogen associated with the symptoms on tobacco. According to phylogenetic study and virtual-RFLP analysis using AluI and MseI endonuclease enzymes, the six Turkish tobacco phytoplasma strains all belong to group 16SrXII and have more than 99% nucleotide sequence identity with some members of ‘Candidatus Phytoplasma solani’ of the taxonomic subgroup ‘stolbur’ (16SrXII-A). Genetic distances analysis indicated that group 16SrI was more closely related to 16SrXII than 16SrVI, in agreement with the groups clustering in the phylogenetic tree. Neutrality tests found that 16SrI and 16SrXII groups are experiencing expanding or bottleneck selections, probably due to new mutations in the 16S rRNA gene fragment. Meanwhile, 16SrVI populations are shown to be undergoing balancing selections, indicating that its isolates have evolved for a long time. © Bu çalışma Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi tarafından Creative Commons Lisansı.Öğe Characterization of viruses infecting rose(Elsevier, 2023) Kawas, Houda; Ertunç, Filiz; Karanfil, Ali; Chaudhury, Nand LalSeveral viruses are found on roses worldwide; among them, rose mosaic virus occurs by coinfection of prunus necrotic ringspot virus. Apple mosaic virus is the most important and worldwide disease of rose. Arabis mosaic virus, strawberry latent ringspot virus, and tomato ringspot virus (Nepovirus, Secoviridae) have a wide geographical distribution. Impatiens necrotic spot virus tomato spotted wilt virus and iris yellow spot virus are Orthotospovirus infections, and rose spring dwarf-associated virus is the unique Luteovirus infection and rose leaf curl virus infection is the unique Begomovirus infection detected on rose plants. Within this chapter, rose Begomoviruses, Ilarviruses, Nepoviruses, Tospoviruses, and Luteoviruses will be discussed by their symptomatology, yield loss, host range, mode of transmission, systematic position, particle morphology, purification, detection methods, and control strategies in details. © 2024 Elsevier Inc. All rights reserved.Öğe Detection of Lettuce mosaic virus infection in South Marmara Region of Turkey and coat protein gene characterization(Lithuanian Research Centre Agriculture & Forestry, 2018) Karanfil, Ali; Cevik, Bayram; Korkmaz, SavaşLettuce mosaic virus (LMV) is considered as the most destructive virus disease of lettuce. The presence of LMV was detected and LMV isolates were comprehensively characterized at molecular level in different parts of the world. While LMV infection was reported several times in different regions of Turkey, molecular characterization of LMV isolates lagged behind in Turkey compared to other regions of the world. For this purpose, surveys were carried out in Canakkale, Balikesir and Bursa provinces, and their districts which constitute South Marmara Region of Turkey in 2013-2015 lettuce cultivation seasons. A total of 307 samples were collected from lettuce plants showing symptoms of viral infection similar to LMV. The collected samples were tested with double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) to determine the presence of LMV. As a result of the tests, 35 of the 307 samples were infected with LMV. Out of 35 infected samples, 15 were selected considering the provinces and their districts where they were collected for further characterization. The coat protein (CP) genes of selected isolates were amplified with reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) to determine the sequence variation in the CP gene of Turkish isolates. RT-PCR amplified CP genes of LMV isolates were cloned and sequenced. Similarity rates and phylogenetic relationships of South Marmara Region LMV isolates with each other and world LMV isolates obtained from GenBank databases were determined. The results showed that, identity rates of South Marmara Region LMV isolates were 96-100% and 89-99% at nucleotide level, and 97-100% and 93-100% at amino acid level among each other and with world isolates, respectively. In addition, phylogenetic analyses revealed that South Marmara Region LMV isolates were in the LMV-RoW (Rest of the World) group.Öğe Effects of graft and aphid transmission on the genetic diversity and population structure of Turkish citrus tristeza virus isolates(Springer Science and Business Media B.V., 2022) Korkmaz, Savaş; Karanfil, AliCitrus tristeza virus (CTV) causes the most destructive viral disease of citrus and is transmitted by grafting and multiple aphid vectors. The mode of transmission is important for the epidemiology, genetic diversity, and evolution of viruses. Therefore, the effects of graft and aphid transmission on the population structure of Turkish CTV isolates were evaluated in this study. First, molecular, and biological characteristics of original field isolates (OR) collected from five different citrus growing regions were determined. Then, they were all grafted onto Madam Vinous sweet orange and the 24 graft-transmitted (GT) isolates were obtained and maintained. When 24 GT isolates were transmitted to Mexican lime seedlings by Aphis gossypii, 30 sub-isolates (AT) were obtained from 15 aphid-transmissible isolates. The CP genes of all OR isolates their GT and AT sub-isolates were amplified by RT-PCR, cloned, and sequenced and compared with each other and well-characterized type strains. The changes in population structure of isolates and sub-isolates were analyzed. While genetic diversity was increased by graft transmission, it was reduced to the level of the original isolates after aphid transmission. Comparisons of the phylogenetic grouping and the genotype profiles of the OR isolates and their GT and AT sub-isolates showed a partial or complete genotype shift in some isolates. The results suggested that mode of transmission may play a role in changes in the genetic diversity of CTV isolates.Öğe First Insight into Genetic Variation and Population Structure of The Emerging Citrus chlorotic dwarf-associated virus (CCDaV, genus Citlodavirus)(Centenary University, 2022) Randa Zelyüt, Filiz; Santosa, Adyatma Irawan; Karanfil, Ali; Silva, Jose Cleydson FerreiraCitrus spp. is widely planted in tropical and subtropical regions, including in Turkey and other Mediterranean countries. Due to its widespread vector and climate change, Citrus chlorotic dwarf-associated virus (CCDaV), a member of the newly formed genus Citlodavirus, is one of the emerging viruses that can be a serious constraint to Citrus crops production in the coming years. Therefore, in-silico analysis on all available isolates in NCBI GenBank was performed to provide the first insight into the genetic population and evolution of CCDaV, which may contribute to its control. CCDaV phylogroups based on full genome, complete movement protein, and complete coat protein sequences were found to be not associated with isolate origins or host species, and all isolates also shared a high genetic identity among them. However, neutrality tests indicated that the current populations are expanding, driven by new mutations. Low Fixation index (FST) values (0.00000-0.36207) confirmed no genetic separation among different ORFs of isolates from three countries. The constructed TimeTree suggested that CCDaV emergence was very recent compared to the other three members of the genus Citlodavirus. Therefore, the obtained results of this study could also expand our knowledge on other even more obscure citladovirus and even other plant DNA viruses, which are still less studied than RNA viruses. © 2022, Centenary University. All rights reserved.Öğe First report of celery mosaic virus in Turkey(Springer, 2019) Karanfil, Ali; Korkmaz, Savaş; Cevik, Bayram[Anstract Not Available]Öğe FIRST REPORT OF Cucumis melo endornavirus WITH A NEW HOST, THE GHERKIN (Cucumis anguria Linn.), IN TURKEY(Trakya Univ Balkan Yerlesesi Enstituler Binasi, 2020) Karanfil, Ali; Korkmaz, SavaşMore than 50 viruses causing infection in members of the family Cucurbitaceae have been identified in the world so far. Because of the development of virus detection methods, new viruses are added to the known infectious cases list every day. One of the viruses recently identified is the Cucumis melo endomavirus (CmEV) which has been reported from different countries all over the world. However, no study for determination of CmEV has been done so far in Turkey. For the purpose of this study, 59 cucurbit plants showing virus and virus-like symptoms were collected from Manisa and Izmir provinces in Turkey. The samples were tested, for presence of CmEV, by reverse-transcriptase polymerase chain reaction and CmEV infections were detected in 47 samples, of which 44 were melon (Cucumis melo Linn.), and the remaining were gherkins (C. anguria Linn.). Among the infected samples, five samples (three were melon, and two were gherkin) were chosen for sequence analysis. After evaluating the sequence analysis results, it was shown that the Turkish isolates presented 93%-99% and 93%-98% identities at the nucleotide level and 94%-99% and 91%-98% identities at the amino acid level among each other and worldwide isolates, respectively. To the best of our knowledge, this is the first report of CmEV in gherkin as a new host both in Turkey and worldwide.Öğe First report of Iris severe mosaic virus in bulbous irises in Turkey(Springer, 2022) Karanfil, Ali; Korkmaz, Savaş[Anstract Not Available]Öğe First report of Iris severe mosaic virus in bulbous irises in Turkey (Mar, 10.1007/s42161-022-01065-7, 2022)(Springer, 2022) Karanfil, Ali; Korkmaz, Savaş[Anstract Not Available]
