Batı Anadolu Bölgesi Kereviz Üretim Alanlarında Celery Mosaic Virus İzolatlarının Genetik Çeşitliliğinin Belirlenmesi
[ X ]
Tarih
2021
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Kereviz üretimi yapılan tüm ülkelerde olduğu gibi ülkemizde de kereviz üretiminde verim ve kaliteyi etkileyen faktörlerin başında virüs ve virüs benzeri hastalıklar gelmektedir. Bu hastalıklardan bir tanesi de celery mosaic virus (CeMV)?dır. CeMV dünyada ilk kez 1935 yılında ABD?den bildirilmiş olup, diğer ülkelerdeki varlığı ise son derece sınırlıdır. CeMV enfeksiyonu bilinen ülkelerden bir tanesi de ülkemizdir. Etmenin ülkemiz kereviz üretim alanlarındaki varlığı ilk kez 2019 yılında Çanakkale ilinden bildirilmiştir. Etmenin enfeksiyonunun oldukça az sayıda ülkeden bildirilmesine paralel olarak da CeMV?nin genetik çeşitliliğine yönelik dünyada yapılmış bir çalışma bulunmamaktadır. Bu bağlamda etmenin ülkemiz kereviz üretim alanlarındaki yaygınlığı ve genetik çeşitliliğinin ne olduğu bilinmemektedir. Bu bağlamda Batı Anadolu bölgesi kereviz üretim alanlarında arazi çalışmaları gerçekleştirilerek, virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 217 bitkiden örnekler alınmıştır. Alınan örnekler CeMV enfeksiyonu açısından RT-PCR ile testlenmiştir. Testlemeler sonucunda örneklerin 109 tanesinde CeMV enfeksiyonu tespit edilmiştir. Enfekteli bulunanlar içerisinden 10 tanesi seçilerek kılıf protein genine göre moleküler karakterizasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmalar sonucunda Türk izolatlarının genel olarak hem nükleotit hem de amino asit düzeyinde genel olarak birbirleri ile %96?nin üstünde sekans benzerliğine sahip olduğu görülmüştür. Dünya izolatları ile gerçekleştirilen çoklu dizi karşılaştırmalarında izolatların birbirleri ile Almanya izolatı hariç oldukça benzer olduğu ve genel olarak benzerlik oranının %97?nin üstünde olduğu belirlenmiştir. Gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda ise CeMV izolatlarının coğrafik orijin temelli olarak Türk izolatlarının dünya izolatlarından ayrı bir grup oluşturduğu görülmüştür. Ülkemiz orijinli ilk CeMV izolatlarının protein kodlayan gen bölgelerinin tamamının ortaya çıkarılması sonucunda polyprotein ve gen bölgelerine göre Türk ve dünya izolatlarının genel olarak birbirleri %95 ve üzeri sekans benzerliği gösterdiği belirlenmiştir. Ayrıca filogenetik analizler sonucunda da iki Türk izolatının birbirleri ile oldukça yakın ilişkili olduğu görülmüştür. Ayrıca bu çalışma kapsamında ülkemizde ilk kez maydanoz bitkilerinde apium virus Y enfeksiyonu tespit edilmiştir. Gerçekleştirilen bu çalışma ile Batı Anadolu bölgesi kereviz üretim alanlarında CeMV enfeksiyonunun yaygın olduğu ve genetik olarak Türk izolatların birbirleri ile oldukça yakın ilişkili olduğu bulunmuştur.
Açıklama
15.11.2021
Anahtar Kelimeler
PCR, Klonlama, Filogenetik, Sekanslama
