Yazar "Çardak, Mine" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 10 / 10
  • Küçük Resim
    Öğe
    Antibiotic resistance and virulence genes in Enterococcus species isolated from raw and processed seafood
    (Springer, 2022) Çardak, Mine; Özmen Toğay, Sine; Ay, Mustafa; Karaalioğlu, Onur; Erol, Özlem; Bağcı, Ufuk
    This study evaluated the antibiotic resistance characteristics and virulence genes of enterococci isolated from raw and processed seafood sold in the Marmara Region, Turkey. In this context, the enterococcal load was determined as between 1.0 and 2.5 log CFU/g in 39 of a total of 397 samples. It was determined that 117 strains isolated from the samples belonged to Enterococcus gallinarum, E. casseliflavus, E. durans, E. faecium, and E. faecalis species. Erythromycin, tetracycline, streptomycin, and gentamicin resistance was observed, whereas the tetM, ermB, aac(6')-aph(2'')-la genes were found in a majority of the isolates. It was also determined that the isolates carried the agg2 and gelE virulence genes. When all these results are evaluated, the presence of these isolates in aquatic products may pose a risk in terms of food safety and public health.
  • [ X ]
    Öğe
    Çanakkale Boğazı, Nara burnu civarındaki scyphozoa ve ctenophora türleri ile bunların bölgedeki dağılımlarının araştırılması
    (Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, 2002) Çardak, Mine; Alpaslan, Mustafa
    ÖZET Bu çalışmanın materyali, Çanakkale Boğazındaki, Scyphomedusae (Aurelia aurita, Rhizostoma pulmo, Chrysaora hysoscelld) ve Ctenophora türlerinin {Mnemiopsis leidyi, Pleurobranchia pileus) mevsimsel dağılımı ve bazı türlerin biomasını belirlemek amacıyla Eylül 2000- Ekim 2001 aylan arasında 500 H göz açıklıklı Hensen tip plankton ağı ile toplandı. Tespit edilen Scyphomedüzlerin hepsi denizlerde yaşarlar. Akdeniz'de 12 tür tespit edilmiş olmasına rağmen (TREGOUBOFF et ROSE, 1957), araştırma alanımız olan Çanakkale Boğazı'nda üç Scyhpomedüz türü bulunabilmiştir. Bunlar Aurelia aurita, Rhizostoma pulmo, Chrysaora hysoscella'dır. Okyanuslarda ve açık denizlerde yaşayan, yakıcı hücreleri (nematosit) insan hayatı için tehlike arz eden, çeşitli hastalıklara neden olan ve hatta inşam öldürebilen tehlikeli formlarına bölgemizde rastlanılmamıştır. Aurelia aurita 'nın araştırma alanındaki bioması metreküpte 3 ile 139 g arasında ölçülmüştür. Aurelia aurita populasyon yoğunluğu en az 60 birey / m2 ve en yüksek birey sayısı 329 birey olarak bulunmuştur. Mnemiopsis leidyi bolluğu 1 ile 30 birey/ m2 arasında değişmiştir. Mnemiopsis leidyi biomas ve bolluğu kışın en yüksek noktaya ulaştığı anda Aurelia aurita miktarı azalmıştır. Buna karşın Aurelia aurita'nın bolluğu yaz periyodu sonu en yüksek değere ulaşmıştır. Küçük boylu Mnemiopsis leidyi bireylerine kış aylarında rastlanmakta; yaz periyodunda ise daha büyük boylu bireyler çoğunluğu oluşturmaktadır. Aurelia aurita bireylerinin boydaki artışları Temmuz ayı sonuna kadar devam etmiş ve Ağustos'ta daha küçük boylu bireyler gözlenmiştir. Çanakkale Boğazında yavru deniz analarının görülmesi ilkbaharda özellikle 14-16 °C sıcaklıkta ve sahile yakın kesimlerinde olmaktadır. Yoğun şekildeki üremenin ise mart ayında meydana geldiği gözlenmiştir. 41Mikroskop altında yapılan mide içeriği analizlerinde, Mnemiopsis leidyi ve Aurelia aurita'nın besinini "Copepod" ve "Yumuşakçaların "; Pleurobranchia pileus türünün besinini ise "Copepodların" oluşturduğu gözlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Çanakkale Boğazı, Aurelia aurita,, Mnemiopsis leidyi, Deniz anası, Scyphozoa ve Ctenophora. 42
  • [ X ]
    Öğe
    Deniz Ekosisteminde Bakteriyel Roller; Türkiye Denizleri Örneği
    (2020) Altuğ, Gülşen; Çardak, Mine; Türetken, Pelin S. Çiftçi; Gürün, Sevan; Kalkan, Samet
    Sucul ekosistemlerde bakterilerin organik maddelerin bozunma süreçlerinde ve besin yenilenmesinde önemli bir role sahip olduğu bilinmektedir. Bu sebeple bakteriyel fonksiyonların tanımlanması için çevresel koşulların değişken liğine bağlı olarak bakteriyel metabolik cevabın farklılığını ortaya koymak deniz ekosisteminin bakteriyolojik verilerle tanımlanması açısından önem taşımaktadır. Bu çalışmada 2000-2016 yılları arasında Türkiye Denizlerinden farklı ça lışmalar kapsamında aseptik koşullarda toplanan deniz suyu örneklerinden izole edilen ve stoklanan Gram negatif, Gram pozitif ve Bacilli bakteri izolatlarının metabolik özellikleri bakterilerin substratlara karşı verdikleri reaksiyon açısından değerlendirilerek, coğrafik olarak heterotrofik aktivite farklılıkları tanımlanmıştır. Ayrıca metabolik olarak aktif bakteri frekansının bölgesel farklılıkları değerlendirilmiştir. Deniz suyu örneklerinde kültür edilebilir bakterilerin izolasyonu yayma plak metodu kullanılarak yapılmış, saflaştırılan izolatların metabolik tanımlamaları için VITEK2 Compact 30 mikro tanımlama sistemi kullanılmıştır. Elde edilen bakterilerin substratlara karşı reaksiyonları ve bakte riyel metabolik aktivasyon düzeylerine yönelik veriler Türkiye Denizlerinde bakteriyel oluşumların çevresel faktörlere maruz kalış şekline göre karakterize olmuştur. Kıyısal alanlarda karbonhidrat metabolizması ile ilgili enzimleri üreten ayrıca lipolitik ve proteolitik enzim aktivitesine sahip Bacilli, Gammaproteobacteria, Alphaproteobacteria, Betaprote obacteria, Actinobacteria, Flavobacteria ve Sphingobacteria sınıflarına ait izolatların yüksek düzeyde bulunması kara sal kaynaklı insan aktivitesinin kıyısal alanlarda baskısının bakteri metabolizmasına bağlı olarak tanımlanabileceğini göstermiştir. Bu çalışma ile 2000-2016 yılları arasında farklı çalışmalarımızla Türkiye Denizlerinden izole edilen bak terilerin enzim profillerine bağlı metabolik özelliklerinin karşılaştırılması yapılarak deniz alanlarımızın bakteriyel ka rakterleri karşılaştırılmış ve coğrafik alanlara göre ekosistem fonksiyonlarına yönelik veriler sağlanmıştır.
  • [ X ]
    Öğe
    Evaluation of some food safety-related characteristics of Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis strains isolated from raw fish samples
    (Refik Saydam National Public Health Agency (RSNPHA), 2019) Karaalioğlu, Onur; Özmen-Toğay, Sine; Ay, Mustafa; Soysal, Gözde; Çardak, Mine; Bağci, Ufuk; Erol-Tinaztepe, Özlem
    Objective: The aim of this study was to evaluate carrying the antibiotic resistance and virulence genes of Enterococcus faecium and E. faecalis strains isolated from raw fish samples and to investigate antibacterial activity potentials. Methods: Sardine, horse mackerel, red mullet and anchovy samples were analyzed by using Kanamycin Azide Aesculine agar for isolation of enterococci and identified at genus level by Gram staining, catalase test, esculine hydrolysis, growth at pH 9.6, bile salt concentration (40%), 10°C and 45°C and species level by using API 20 Strep biochemical test kits. Antibiotic (streptomycin, chloramphenicol, erythromycin, tetracycline, gentamycin and vancomycin) resistance of 33 enterococcal strains were evaluated by using disk diffusion method. PCR were performed for evaluate the virulence genes (agg2, gelE, cylA, cylB, cylM). Antibacterial activity potentials against reference test bacterias (Staphylococcus aureus ATCC 6538, E. coli ATCC 25922, Listeria monocytogenes ATCC 7644, L. innocua ATCC 33090, E. faecalis NCIMB 700584, E. faecium M74) of the isolates were evaluated by using the agar drop methode. Results: All E. faecalis and E. faecium isolates were resistant to streptomycin, whereas 30 (90.9%) isolates to gentamycin and 14 (42.4%) isolates to vancomycin were found high level resistant. For erythromycin 32 (96.7%) of isolates showed intermediate level of resistancy. Other tested antibiotics, chloramphenicol and tetracycline, were found mostly susceptible, 26 (78.8%) and 30 (90.9%) isolates respectively. Multiple antibiotic resistance was also observed in isolates. In addition, gelE and agg2 genes related to pathogenic function were found in some isolates and ß-hemolytic activity was detected in 4 of isolates. However, there is a potential for significant antibacterial activity against test bacteria including S. aureus and L. monocytogenes in some of the isolates. Conclusion: It is thought that E. faecium and E. faecalis isolates may carry a risk for food safety and public health due to antibiotic resistance and virulence gene transmission, but they also have potential for antimicrobial activity in isolates and all these properties should be evaluated on strain specific. © 2019, Refik Saydam National Public Health Agency (RSNPHA).
  • [ X ]
    Öğe
    Genotypic and Phenotypic Evaluation of Heavy Metal Resistance of Enterococcal Isolates from Seafood Products for Consumption
    (ABADER (Adıyaman Bilimsel Arastırmalar Dernegi), 2023) Çardak, Mine; Özmen Toğay, Sine; Ay, Mustafa
    The aim of this study was to genotypically and phenotypically evaluate the resistance to heavy metal salts of enterococci isolated from fisheries sold in our country's market for food safety. Using concentrations computed as 1000 ppm of seven heavy metal salts, copper (Cu+2), nickel (Ni+2), cadmium (Cd+2), zinc (Zn+2), lead (Pb+2), chromium (Cr+2), and iron (Fe+2) heavy metal resistance (MIK) tests were conducted on each of the enterococci isolates. As a result of the analyses made in this context, resistance to heavy metal salts such as copper, lead, nickel, and cadmium in many isolates and the presence of copper (tcrB) and cadmium (cadA) resistance genes in some isolates were determined. It is considered that the isolates and the fishery products from which these isolates were obtained may carry risks in terms of food safety and public health. In addition, genes encoding heavy metal resistance are also effective in antibiotic resistance. For this reason, it is stated that these microorganisms gain importance not only in applications such as bioremediation and biomining but also in the healthcare sector. © 2023, ABADER (Adıyaman Bilimsel Arastırmalar Dernegi). All rights reserved.
  • [ X ]
    Öğe
    Jeotermal Akışkanın Hidrokimyasal Karakterizasyonunun Belirlenmesi: Simav (Kütahya) Örneği
    (2019) Çardak, Mine; Yücel, Deniz Şanyüksel; Ay, Mustafa Ertan; Acar, Tuğba Söküt; Tınaztepe, Özlem Erol
    Yüksek sıcaklık ve basınç altında jeotermal akışkan ile uzun süre etkileşim içerisinde olankayaçtaki birçok metal(loid) çözünerek suya geçmektedir. Jeotermal akışkanın içerdiğiyüksek metal ve iz element konsantrasyonu nedeni ile çevresindeki su kaynakları üzerindeolumsuz etkileri bulunmaktadır. Kütahya ili Simav ilçesinde Eynal, Naşa ve Çitgöl jeotermalalanları yer almaktadır. Jeotermal akışkan termal turizm, konut ve sera ısıtması amaçlı olarakkullanılmakta, atık suyu Simav çayına deşarj edilmektedir. Bölgede reenjeksiyon kuyusubulunmamaktadır. Bu çalışmada Simav ilçesindeki jeotermal akışkanın hidrokimyasalkarakterizasyonunun belirlenmesi ve olası çevresel etkilerinin değerlendirilmesiamaçlanmıştır. Bu amaç ile Eynal, Naşa ve Çitgöl jeotermal alanlarından 2014 ve 2015yıllarında yağışlı ve kurak dönem olmak üzere 2 kez ve toplam 22 jeotermal sondajdan suörneklemesi yapılmıştır. Elde edilen hidrokimyasal analiz sonuçları ulusal standartlarlakarşılaştırılarak, istatistiksel olarak değerlendirilmiştir. Jeotermal akışkanın sıcaklığı 60.05-88.8 °C, elektriksel iletkenlik değeri 1596-2271 ?S/cm arasında ölçülmüştür. Jeotermalakışkanın katyon dizilimi Na+> K+> Ca2+> Mg2+, anyon dizilimi ise SO42-> HCO3-> Clşeklinde olup, akışkanın su tipi Na-SO4-HCO3'tır. As (684 ?g/l), B (4203 ?g/l), Fe (612 ?g/l)ve Mn (531 ?g/l) konsantrasyonu limit değerlerin üzerindedir. Su Kirliliği KontrolüYönetmeliği'ne göre jeotermal akışkan Na+, SO42-, As ve B konsantrasyonuna göre çokkirlenmiş sular sınıfında yer almaktadır.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Marmara Denizi'nde Algarna ile Avlanan Triglidae Türlerinin Boy-Ağırlık İlişkisi ve Bolluk Dağılımı
    (Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, 2018-07-24) İşmen, Ali; İnceoğlu, Haşim; İhsanoğlu, Mukadder Arslan; Yığın, Cahide Çiğdem; Çardak, Mine; Daban, Burak; Kocabaş, Engin; Özer, Zeki; Kara, Alpaslan; Şirin, Murat; Öktener, Ahmet
    Bu çalışmada, Marmara Denizi'nde üç kırlangıç türünün Chelidonichthys lucerna (Linnaeus, 1758), Lepidotrigla cavillone (Lacepède, 1801), Eutrigla gurnardus (Linnaeus, 1758)’un boy-ağırlık ilişkileri, birim av miktarları ve bollukları (CPUE kg/sa, N/sa) mevsimlere, bölgelere ve derinliklere göre belirlenmiştir. Örnekler Ekim 2011- Temmuz 2014 tarihleri arasında algarna av aracı kullanılarak aylık olarak elde edilmiştir. Marmara Denizi altı av sahasına; 1. bölge: Erdek, 2. bölge: Tekirdağ, 3. bölge: Marmara Adası, 4. bölge: Kapıdağ, 5. bölge: Yalova, 6. bölge: Silivri ayrılarak, toplam 229 adet algarna çekimi yapılmıştır. 3 triglidae türü için b değeri 2,66 ile 2,85 arasında değişmiştir. C. lucerna ve L. cavillone negatif allometrik büyüme, E.gurnardus izometrik büyüme göstermiştir. Algarna ile avlanan türlerin toplam birim avı 63,6 kg/sa, kemikli balıkların birim avı 4,7 kg/sa, triglidae familyasına ait balıkların birim avları 0,422 kg/sa (%9) dir. Kırlangıç türleri arasında en yüksek bolluk C. lucerna türünde (0,305 kg/sa - 2,5 N/sa) belirlenmiştir ve onu sırasıyla L. cavillone (0,066 kg/sa-1,9 N/sa) ve E. gurnardus (0,051 kg/sa - 0,96 N/sa) türleri takip etmiştir. Mevsimlere göre en yüksek bolluk C. lucerna ve L. cavillone türleri için yaz döneminde, E. gurnardus için ilkbaharda bulunmuştur. Bölgelere göre en yüksek bolluk C. lucerna için Tekirdağ'da, L. cavillone için Kapıdağ Yarımadası'nda ve E. gurnardus için Marmara Adası av sahasında tespit edilmiştir. Derinliklere göre triglidae türlerinin birim av miktarı değişmiştir. C. lucerna ve L. cavillone'nin 50-100 m derinlik aralığında, E. gurnardus’un 100 m'den daha derinlerde daha bol olduğu tespit edilmiştir.
  • [ X ]
    Öğe
    Palamut lakerdasında farklı sıcaklık uygulamaları ve sarımsak ekstraktının ürün kalitesine etkileri
    (2013) Çolakoğlu, Fatma Arık; Çardak, Mine
    [Abstract Not Available]
  • Küçük Resim
    Öğe
    Spatio-Temporal Patterns of Abundance and Biomass of Parapenaeus longirostris (Lucas, 1846) in the Sea of Marmara, Turkey
    (İstanbul University Faculty of Aquatic Sciences, 2021) İnceoğlu, Haşim; İşmen, Ali; İhsanoğlu, Mukadder Arslan; Kocabaş, Engin; Daban, İsmail Burak; Çardak, Mine; Şirin, Murat; Yığın, Cahide Ciğdem
    The present research study investigated the catch-per-unit-effort (CPUE, kg/h) and biomass of Parapenaeus longirostris in consideration of three parameters, i.e. seasons, regions, and depth levels. Beam trawls were used to collect the specimens at a total of 229 sampling stations in the Sea of Marmara between September 2011 and July 2014. In the Sea of Marmara, the mean CPUE of P. longirostris was calculated to be 8.4 }0.5 kg h-1 , and the mean biomass to be 354 kg/km-2. The mean CPUE value was at its highest in summer and autumn, and the lowest was observed in winter and spring. The by-region mean CPUE value of P. longirostris was the highest in the northern Sea of Marmara (14.3 }1.9 kg h-1), and the lowest was detected in the south (3.6 }1.0 kg h-1). The highest biomass value was found at a depth of 50-100 m, in the northern Sea of Marmara, while the lowest was calculated in the southeastern Sea of Marmara.
  • [ X ]
    Öğe
    Species distribution and heavy metal resistance of enterobacteriaceae members isolated from Istanbul strait
    (Parlar Scientific Publications, 2014) Çardak, Mine; Altug, Gülsen
    The aim of this study was to determine the isolation and heavy metal resistance of Enterobacteriaceae members in sea water samples obtained from stations located at the Black Sea exit and Marmara Sea entry of the Strait of Istanbul. A series of 126 isolates of Enterobacteriaceae were identified using API 20E in sea water samples monthly obtained from the surface and various depths between Februaiy 2006 - March 2007. The isolates were subjected to minimum inhibitory concentration (MIC) tests using micro dilution technique in order to determine the resistance to the salts of copper, nickel, cadmium, mercuiy and zinc. Plasmid isolation and plasmid elimination tests were conducted to determine whether the resistance of the isolates depends on plasmids, using a Miniprep Kit. The highest heavy metal resistance was shown, respectively, by E. coli, Enterobacter spp., Serratia spp., Citrobacter spp., Klebsiella spp., Pantoea spp., Salmonella spp., and Proteus spp. Isolates that were defined as resistant to heavy metals were stocked as candidate species for adapted cultures devoted to the natural elimination of heavy metals from the environment. Furthermore, the transfer of heavy metal resistance to other source bacteria in the environment via plasmids with ratios from 39 to 52 % was also exhibited for the first time in this study; the results are discussed considering the effects of environmental factors. © by PSP.