Identification of long non-coding RNAs in Monilinia fructicola species

Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar olarak kısaltılır), uzunluğu 200 nt'den yüksek olan RNA transkriptleridir. Transkripsiyonla etkileşimleri, cis ve trans veya antisens odaklı hedef genlerin transkripsiyonuna cis müdahalesinden, nükleozom yeniden konumlandırmasına, histon modifikasyonlarına veya kromatin yeniden modelleme faktörlerinin görevlendirilmesine, proteinler, DNA veya diğer RNA'larla trans etkileşimlerine kadar farklılık gösterir Bu tezde Monilinia fructicola'nın lncRNA profilleri ilk kez tanımlanmıştır. Seçilen izolatlar bu türün yüksek ve düşük virülanslı fenotipini temsil etmektedir; çeşitli biyoinformatik yöntemler kullanılarak lncRNA'lar transkriptom verilerinden tanımlanır ve lokasyonları genom üzerinde bulunur. Bu çalışmanın sonuçları düşük virülent (LV) izolatının yüksek virülent (HV) izolatından daha fazla lncRNA kodladığını göstermektedir. LV izolatında bulunan lncRNA'ların çoğu, çevresel baskılara karşı dirençte ve hücresel homeostaziste rol oynadığı gözlemlenmiştir. HV izolatı için tanımlanan LncRNA'ların, konakçı bileşiklerin metabolizmasında ve patogenezinde rol oynadığı bulunmuştur. Bu tez çalışması, M. fructicola patojenindeki uzun kodlamayan RNA'lara ve bu lncRNA'ların olası biyolojik işlevlerine dair büyük bir fikir vermektedir; bu, yeni hastalık yönetimi stratejileri geliştirmek için bir basamak taşı olarak kullanılabilir.

Long non-coding RNAs (abbreviated as lncRNAs) are RNA transcripts that have length higher than 200 nt. They interact with the transcription differs from cis interference with the transcription of adjacent or overlapping sense or antisense-oriented target genes, to nucleosome repositioning, histone modifications, or the recruitment of chromatin remodeling factors, to trans interactions with proteins, DNA, or other RNAs, in some cases acting as a scaffold for the attachment of multiple factors. In this thesis, lncRNA profiles of Monilinia fructicola identified for the first time. Selected isolates represent high and low virulent phenotype of this specie, by using several bioinformatics methods, lncRNAs are found in transcriptome data and mapped to the genome. Results of this study indicate that low-virulent (LV) isolate encodes more lncRNAs than high virulent (HV) isolate. Most of the lncRNAs that LV isolate encoded to play part in the resistance to environmental pressures and cellular homeostasis. LncRNAs identified for the HV isolate found to play part in pathogenesis and metabolism of the host compounds. Identification and understanding the lncRNA functions in the pathogen can contribute to recognition of pathogens and the disease management strategies. This thesis study gives a huge insight into long non-coding RNAs and possible biological functions of these lncRNAs in the M. fructicola pathogen, which can be used as a step stone for developing new disease management strategies.