Isthmin-1 (Ism1) geninde kodlanan tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) İn Silico yöntemler ile analizi ve prostat kanseri ilişkisinin araştırılması

Isthmin-1 (Ism1) Geninde Kodlanan Tek Nükleotid Polimorfizmlerinin (SNP) In Silico Yöntemler ile Analizi ve Prostat Kanseri İlişkisinin Araştırılması Amaç Bu çalışma, prostat kanserinin (PKa) teşhis ve tedavisinde daha iyi biyobelirteçlere olan ihtiyacı vurgulamaktadır. Özellikle, Isthmin-1 (ISM1) geninin PKa'daki rolünü in silico yöntemlerle analiz etmeyi amaçlamaktadır. ISM1 geni, anjiyogenez, metabolizma, organ homeostazı, bağışıklık ve tümör oluşumu gibi çeşitli biyolojik süreçlerde önemli rol oynayan ISM1 proteinini kodlar. Bu gen üzerindeki tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) PKa ile ilişkisi araştırılacaktır. Yöntem Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi'nden 150 katılımcı çalışmaya dahil edilmiştir: 29 benign prostat hiperplazisi (BPH) hastası, 47 sağlıklı kontrol ve 74 PKa hastası. Tüm katılımcılardan alınan kan örneklerinden genomik DNA izole edilmiştir. ISM1 genine ait nükleotid dizisi ve SNP'ler veritabanlarından elde edilerek in silico yöntemlerle analiz edilmiştir. Fonksiyonel etkisi yüksek olabilecek varyantlar için primer ve prob tasarımları yapılmıştır. Bulgular Çalışmada, ISM1 genine ait iki SNP olan ISM1_g.13270669 T>C (rs77255807) ve ISM1_g.13326522 C>T (rs117461286) varyantları incelenmiştir. ISM1_g.13326522 C>T varyantının T alleli ve C/T heterozigot genotipinin PKa riskini anlamlı düzeyde artırdığı bulunmuştur. Benzer şekilde, ISM1_g.13270669 T>C varyantının C alleli ve T/C heterozigot genotipinin PKa grubunda daha yüksek oranda saptandığı ve 5,76 kat artmış risk ile ilişkili olduğu gözlenmiştir. Haplotiplerin analizi, özellikle C–T haplotipinin PKa ile güçlü bir şekilde ilişkili olduğunu (OR: 19.29) göstermiştir. Sonuç Bu çalışma, ISM1 genindeki SNP'lerin, özellikle ISM1_g.13270669 T>C ve ISM1_g.13326522 C>T varyantlarının, prostat kanseri patogenezinde potansiyel bir rol oynadığını düşündürmektedir. Alel ve genotip frekanslarındaki anlamlı farklılıklar, yüksek risk oranları ve haplotip analizlerindeki güçlü ilişkiler, bu SNP'lerin gelecekte PKa için biyobelirteç veya terapötik hedef olarak kullanılabileceğini ortaya koymaktadır. Daha fazla doğrulama çalışmasına ihtiyaç vardır. Anahtar Sözcükler: Prostat Neoplazmaları, Polimorfizm, Tek Nükleotid, Bilgisayar Simülasyonu, Genetik Varyasyonlar

Analysis of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Encoded in the Isthmin-1 (Ism1) Gene Using In Silico Methods and Investigation of Their Relationship with Prostate Cancer Aim The aim is to identify potential biomarkers for PCa diagnosis and treatment, given the ISM1 gene's role in angiogenesis, metabolism, organ homeostasis, immunity, and tümör formation. Methods The study included 150 participants from Çanakkale Onsekiz Mart University: 29 with benign prostatic hyperplasia, 47 healthy controls, and 74 PCa patients. Genomic DNA was isolated from blood samples. ISM1 gene nucleotide sequences and SNPs were analyzed using in silico methods, and primers/probes were designed for functionally impactful variants. Findings Findings revealed that two ISM1 gene SNPs, ISM1_g.13270669 T>C (rs77255807) and ISM1_g.13326522 C>T (rs117461286), are associated with PCa risk. The T allele and C/T heterozygous genotype of ISM1_g.13326522 C>T significantly increased PCa risk. Similarly, the C allele and T/C heterozygous genotype of ISM1_g.13270669 T>C were more prevalent in the PCa group, showing a 5.76-fold increased risk. Haplotype analysis, particularly the C–T haplotype, demonstrated a strong association with PCa (OR: 19.29), suggesting synergistic effects of these variants. Conclusion These findings suggest a potential role for ISM1 gene SNPs in PCa pathogenesis. The significant differences in allele/genotype frequencies, high odds ratios, and strong haplotype associations indicate that these SNPs could serve as future biomarkers or therapeutic targets for PCa. Further validation studies are necessary.