Marulu enfekte eden lettuce mosaic vırus izolatının tüm genom dizi analizi

Ülkemizde ve dünyada kışlık sebze üretimi yoğun olarak yapılmaktadır. Bu kışlık sebzelerden bir tanesi de marul bitkisidir. Marul birim alandan yüksek getiri potansiyeli ve kış soğuklarına fazla duyarlı olmaması nedeniyle çiftçiler tarafından cazip bir bitki olarak görülmektedir. Marul tarımında ekonomik olarak kayba neden olan viral etmenlerin başında marul mozaik virüsü (lettuce mosaic virus; LMV) gelmektedir. LMV, ülkemizde bu güne kadar gerçekleştirilen çalışmalar sonucu farklı üretim bölgelerinde tespit edilmiştir. Fakat LMV enfeksiyonu ülkemizin hemen hemen her bölgesinden bildirilmesine rağmen, izolatların tüm genom sekans dizilerinin belirlenmesine yönelik herhangi bir çalışma gerçekleştirilmemiştir. Bu çalışmada LMV tüm genom dizilimlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında daha önceden Çanakkale, Balıkesir, Bursa illerinden toplanmış ve LMV ile enfekteli olduğu tespit edilmiş marul bitkilerinden elde edilen izolatlar kullanılmıştır. Seçilen 3 örneğe total nükleik asit izolasyonu yapılarak, izolatların NIb+CP genlerinin kısmi dizilemesi yapılmıştır. Gerçekleştirilen bu analizleri takiben, dizilemesi yapılan izolatların nükleotit ve amino asit düzeyinde dünya izolatları ile göstermiş oldukları benzerlik ve filogenetik ilişkilerine göre tüm genom dizi analizleri için bir izolat seçilmiştir. Son aşamada ise seçilen izolatın tüm genomunun belirlenmesi amacı ile gerekli analizler yapılarak, marulu enfekte eden LMV izolatının dünyadaki diğer LMV izolatları ile göstermiş olduğu sekans benzerlikleri ve farklılıklarının yanında filogenetik ilişkileri de ortaya çıkarılmıştır. Çalışmalar sonucunda tüm genom dizileri belirlenen izolatın, dünya LMV izolatları ile yapılan karşılaştırmasında izolatların amino asit düzeyinde %92-99, nükleotit düzeyinde ise %82-98 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Filogenetik analizler sonucunda ise genel olarak Fransız ve Asya orijinli izolatlar ile yakın ilişkili olarak bulunmuştur. Gerçekleştirilen bu çalışma ile ülkemizde ilk kez bir LMV izolatının tüm genoma dayalı biyoinformatik analizleri belirlenmiştir.

Winter vegetables are intensely cultivated in Turkey and worldwide. Lettuce, produced for its leaves, is an important winter plant. Lettuce mosaic virus (LMV) is one of the most common leading viral diseases, which can cause serious economic losses of 50% in lettuce crops. As a result of the studies carried out in Turkey to date, LMV infections have been detected in different regions. However, although LMV infection has been reported from almost every region in Turkey, no study has been performed to determine the full-length genome sequence of the isolates. This study aims to bridge this gap and determine the LMV full-length genome sequence. Isolates collected from the Canakkale, Balikesir and Bursa provinces forming the South Marmara region found infected with LMV were used. The total nucleic acid isolation was performed from the three samples selected. Furthermore, NIb+CP sequences of the isolates were amplified and sequenced. Following this, one sample was selected for the full-length genome sequence analysis based on the sequence similarities and phylogenetic relationships with the world isolates at the nucleotide and amino acid levels. In the concluding stage, a full-length genome analysis was undertaken for the selected isolate and the sequence similarities and differences as well as the phylogenetic relationships were revealed with the world isolates. As a result of the full-length genome sequence studies, the Turkish LMV isolate showed similarities of 92% to 99% and 82% to 98% at amino acid and the nucleotide levels, respectively. Furthermore, it was found that this isolate is closely related to isolates of French and Asian origin. In this study, bioinformatic analyses based on the fulllength genome of an LMV isolate were performed for the first time in Turkey.