Nuclear and mitochondrial phylogenies of Monilinia brown rot pathogens from a worldwide collection
| dc.contributor.advisor | Özkılınç, Hilal | |
| dc.contributor.author | Sılan, Ece | |
| dc.date.accessioned | 2025-01-26T21:03:45Z | |
| dc.date.available | 2025-01-26T21:03:45Z | |
| dc.date.issued | 2021 | |
| dc.department | ÇOMÜ, Enstitüler, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Biyomoleküler Bilimler Ana Bilim Dalı | |
| dc.description | Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Biyomoleküler Bilimler Ana Bilim Dalı | |
| dc.description.abstract | onilinia türleri, sert ve yumuşak çekirdekli meyvelerde kahverengi çürüklük hastalığına sebep olan ve ciddi ekonomik kayıplara yol açan fungal bitki patojenleridir. Bu çalışma Avustralya, ABD, Çin, İtalya ve Türkiye'den toplamda 103 M. fructicola ve M. laxa izolatlarını içermektedir. Çalışmada, üç nükleer ve 3 mitokondriyal genin sekans verileri kullanılarak Bayes ve Maksimum Likelehood temelli filogenetik analizler gerçekleştirilmiştir. Nükleer bölgeler için Kalmodulin (calmodulin), süksinat dehidrogeneaz_A (SDHA) ve translasyon uzama faktörü 1_alfa (TEF1), mitokondriyal DNA için ise sitokrom b (Cytb), NADH dehidrogenaz_2 NAD2 ve NADH dehidrogenaz_5 NAD5 genleri kullanılmıştır. Çalışma sonucunda her iki türde çeşitlilik ve mutasyon oranının nükleer bölgelerde daha yüksek olduğu ortaya çıkarılmıştır. Genel olarak, M. fructicola izolatları, M. laxa izolatlarından daha yüksek çeşitlilik göstermiştir. Nükleer genler ise mitokondriyal genlere kıyasla her iki tur için de daha yüksek varyasyon göstermiştir. Bu verilere göre mitokondriyal gen evrim hızının nükleer gen evrim hızından daha düşük olduğu sonucuna ulaşılmıştır. Her izolatın hangi eşey tipini içerdiği yine bu çalışmada geliştirilen spesifik primeler kullanılarak moleküler olarak tespit edilmiştir. Örneklemesi bulunan her ülkenin patojenlerin, her iki eşey tipini de içerdiği tespit edilmiştir, bu da eşeyli üremenin her bölgede mevcut olabileceğine işaret etmektedir. Hibridizasyon ve rekombinasyon belirleme analizleri olası rekombinasyonları göstermiştir. Çalışma, bu önemli fungal patojen türlerde hem nükleer hem de mitokondriyal genler için filogenetik çalışmalarda kullanılabilecek yeni bölgeler ve eşey tipi belirleme analizlerinde kullanılabilecek markerlar sunmaktadır. Ayrıca mitokondriyal ve nükleer genlerin evrim hızını mevcut verilere dayalı olarak kıyaslamalı olarak tartışmaktadır. | |
| dc.description.abstract | Monilinia species are plant pathogens that cause infection in stone and pome fruits, dealing significant economic damage. In this study, a total of 103 M. fructicola and M. laxa isolates from Australia, USA, China, Italy and Turkey are included. In the study, phylogenetic analyses based on Bayesian and Maximum Likelihood were performed using the sequence data of three nuclear and three mitochondrial genes. Calmodulin, succinate dehydrogenase_A (SDHA) and translation elongation factor 1_alpha (TEF1) for nuclear regions, cytochrome b (Cytb), NADH dehydrogenase_2 NAD2 and NADH dehydrogenase_5 NAD5 genes were used for mitochondrial DNA. As a result of the study, it was revealed that the rate of diversity and mutation in both species is higher in nuclear regions. In general, M. fructicola isolates showed higher diversity than M. laxa isolates. Nuclear genes showed higher variation for both types compared to mitochondrial genes. According to these data, it has been concluded that the mitochondrial gene evolution rate is lower than the nuclear gene evolution rate. The mating type of each isolate was determined in a molecular level using specific primers developed in a previous study. Pathogens from each country sampled were found to include both mating types, indicating that sexual reproduction may be present in all regions. Hybridization and recombination detection analysis showed possible recombinations. The study presents new regions that can be used in phylogenetic studies for both nuclear and mitochondrial genes in these important fungal pathogenic species, and markers that can be used in mating type identification analysis. It also discusses the evolution rate of mitochondrial and nuclear genes comparatively based on available data. | |
| dc.identifier.endpage | 65 | |
| dc.identifier.startpage | 1 | |
| dc.identifier.uri | https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=9MiDp3x86xrwjpi5-14w-YoaNNQLxNjqEOZv3GgF3PWr2EPnHX9l-hVkugXW3e3k | |
| dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/20.500.12428/9379 | |
| dc.identifier.yoktezid | 664983 | |
| dc.language.iso | en | |
| dc.publisher | Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi | |
| dc.relation.publicationcategory | Tez | |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | |
| dc.snmz | KA_Tez_20250125 | |
| dc.subject | Genetik | |
| dc.subject | Genetics | |
| dc.title | Nuclear and mitochondrial phylogenies of Monilinia brown rot pathogens from a worldwide collection | |
| dc.title.alternative | Dünya çapındaki bir koleksiyondan Monilinia kahverengi çürüklük patojenlerinin nükleer ve mitokondriyal filogenileri | |
| dc.type | Master Thesis |
