Yazar "Tezcan, Meltem" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 4 / 4
  • [ X ]
    Öğe
    DNA barcoding in native plants of the Labiatae (Lamiaceae) family from Chios Island (Greece) and the adjacent Cesme-Karaburun Peninsula (Turkey)
    (Wiley, 2012) Theodoridis, Spyros; Stefanaki, Anastasia; Tezcan, Meltem; Akı, Cüneyt; Kokkini, Stella; Vlachonasios, Konstantinos E.
    The plant family Labiatae (Lamiaceae) is known for its fine medicinal and aromatic herbs like lavender, mint, oregano, sage and thyme and is a rich source of essential oils for the food, pharmaceutical and cosmetic industry. Besides its great economic importance, the Labiatae family contributes significantly to the endemic flora of Greece and Turkey. Owing to its economic and biological significance and to the difficult identification based on morphological characters of several of its taxa, the Labiatae family is an ideal case for developing DNA barcodes. The purpose of this study is to evaluate the utility of DNA barcoding on a local scale in discriminating Labiatae species in Chios Island (Greece) and the adjacent Cesme-Karaburun Peninsula (Turkey). We chose three cpDNA regions (matK, rbcL, trnH-psbA) that were proposed by previous studies and tested them either as single region or as multiregion barcodes based on the criteria determined by Consortium for the Barcode of Life (CBOL). Our results show that matK and trnH-psbA taken as useful in discriminating species of the Labiatae, for the species we examined, as any multiregion combination. matK and trnH-psbA could serve as single-region barcodes for Labiatae species contributing to the conservation and the trade control of valuable plant resources.
  • [ X ]
    Öğe
    DNA barcoding study on Sideritis trojana bornm. An endemic medicinal plant of IDA mountain, Turkey
    (2010) Tezcan, Meltem; Vlachonasios, Konstantinos; Akı, Cüneyt
    DNA barcodes are short parts of DNA used to identify an unknown specimen of the species. DNA barcodes have been used in associating the stages of life, determining cryptic species, preventing illegal trade, etc. Herein, we used two DNA barcodes, trnH-psbA intergenic spacer and matK region to discriminate endemic Ida Mountain Sideritis trojana B. plant. We assessed the genetic relatives of S. trojana with the other Lamiaceae, and compared the classical taxonomie classifications of the species with the classifications obtained through DNA barcode trees. matK was found to be more suitable for DNA barcoding study because of the easiness of the alignment and constructing the tree. matK was generally enough to discriminate species. It can be used as a core barcode but in the identification-based DNA barcode investigations, combination of matK with a more variable region can be suggested. © by PSP.
  • [ X ]
    Öğe
    DNA BARCODING STUDY ON Sideritis trojana Bornm. AN ENDEMIC MEDICINAL PLANT OF IDA MOUNTAIN, TURKEY
    (Parlar Scientific Publications (P S P), 2010) Tezcan, Meltem; Vlachonasios, Konstantinos; Akı, Cüneyt
    DNA barcodes are short parts of DNA used to identify an unknown specimen of the species. DNA barcodes have been used in associating the stages of life, determining cryptic species, preventing illegal trade, etc. Herein, we used two DNA barcodes, trnH-psbA intergenic spacer and matK region to discriminate endemic Ida Mountain Sideritis trojana B. plant. We assessed the genetic relatives of S. trojana with the other Lamiaceae, and compared the classical taxonomic classifications of the species with the classifications obtained through DNA barcode trees. matK was found to be more suitable for DNA barcoding study because of the easiness of the alignment and constructing the tree. matK was generally enough to discriminate species. It can be used as a core barcode but in the identification-based DNA barcode investigations, combination of matK with a more variable region can be suggested.
  • [ X ]
    Öğe
    Kaz dağı (Çanakkale, Türkiye) endemik bitkilerinden bazılarının dna barkodlaması
    (Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, 2009) Tezcan, Meltem; Akı, Cüneyt
    Bu çalışmada Kazdağı endemik bitkilerinden Sideritis trojana Bornm. (Lamiaceeae) ve Digitalis trojana Ivan. (Scrophulariaceae) türlerinin DNA barkodlaması yapılmıştır. DNA barkodlaması çalışması için matK (Maturase) geni ve trnH- psbA genler arası bölge seçilmiştir. Genç yaprak dokularından DNA ayrıştırılması yapılmış, matK geni ve trnH- psbA genler arası bölgeye özgü primerlerle PCR çoğaltımı sağlanmıştır. İlgili bant Agaroz jel elektroforeziyle UV altında görüntülenmiştir. Bantı veren PCR ürünü için hizmet alımı yapılmıştır. Türlere ait dizilerin eldesinden sonra gerekli programlar kullanılarak hem diziler yoluyla elde edilen sınıflandırma klasik taksonomi ile karşılaştırılmış, hem diziler baz alınarak Kazdağı endemik bitkilerinin diğer bitkiler ile ilişkisi araştırılmış hem de ilgili gen bölgelerinin öz barkod olabilme olasılıkları tartışılmıştır. Türlerin kendi familyalarına ait türlerle sıralamaları CLUSTALW2 ve T-COFFEE ?Multiple Sequence Alignment? programları kullanılarak yapılmış, S. trojana ve D. trojana türleri ile sıralanacak türlerin dizileriyse BLAST programından seçilmiştir. Türlere ait DNA barkod temelli ağacın eldesi için MEGA 4.1 programı kapsamında Neighbor Joining metodu ve Kimura-2-Parametresi kullanılmıştır.Elde edilen sonuçlar doğrultusunda türlere ait diziler kullanılarak elde edilen DNA barkod temelli ağaç sınıflandırılmaları ile türlerin klasik taksonomik sınıflandırılmasının uyumlu olduğu gözlemlenmiştir. Örnekler doğrultusunda matK lokusu, sıralama ve DNA barkod temelli ağaç elde etmedeki kolaylığı, genel olarak yeterli değişkenlik içermesi sebebiyle öz barkod bölgesi olarak kullanılabilir. Ancak tür tanımlamasının temel olduğu çalışmalarda matK geninin yeterli değişkenlik içeren başka genlerle kombinasyon halinde kullanılmasının daha iyi sonuç vereceği önerilebilir.Anahtar sözcükler: Sideritis trojana, Digitalis trojana, matK, trnH- psbA, DNA barkodlaması