Yazar "Sucu, Berfin" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 3 / 3
  • [ X ]
    Öğe
    N-glycans from human milk glycoproteins are selectively released by an infant gut symbiont in vivo
    (Elsevier, 2019) Karav, Sercan; Casaburi, Giorgio; Arslan, Aysenur; Kaplan, Merve; Sucu, Berfin; Frese, Steven
    Complex, indigestible free oligosaccharides as well as conjugated glycans are found in milk that shape the gut microbiome of infants. The activity of an endo-beta-N-acetylglucosaminidase from B. longum subsp. infantis (B. infantis) is known to release N-glycans from native milk glycoproteins under physiological conditions. We investigated whether this enzyme is active in vivo in breastfed infants fed B. infantis EVC001. Using mass spectrometry, we found 19 N-glycans related to human milk glycoproteins increased in abundance, similar to previous work using bovine milk glycoproteins, and these 19 N-glycans matched unique specificities of this enzyme. Twenty N-glycans were unique to infants fed B. infantis EVC001. Bifidobacteriaceae were correlated with these glycans, confirming the relationship between B. infantis and released N-glycans. This suggests that this enzyme is active in vivo and releases N-glycans from milk glycoproteins, and may play a role in B. infantis EVC001 colonization of the gut microbiome.
  • [ X ]
    Öğe
    Recombinant production and characterization of new bifidobacterial glycosidases
    (Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, 2021) Sucu, Berfin; Karav, Sercan
    Protein glikozilasyonu, protein katlanması, stabilitesi ve enzimatik koruma dahil olmak üzere protein fonksiyonu gibi önemli rollerle ilişkilendirilmiş yaygın bir translasyon sonrası modifikasyondur. Glikoproteinler (laktoferrin, immünoglobulinler gibi), protein ve glikan ikilisinden oluşmaktadır. Bakteriler, glikoproteinleri sindirebilecek gerekli enzimleri içermediğinden onları karbon kaynağı olarak kullanamaz. Bundan dolayı bakteriler üzerinde gözlemlenen gelişimin karbon kaynağı glikanlardır. Glikanların glikoproteinlerden ayrılıp hücre içine alınabilmesi için ise önce bakterilerin glikosidazlarının bu glikanları kesmeleri gerekmektedir. Glikoproteinlere bağlanan N-glikanlar, konakçı tarafından sindirilemez ve bazı yararlı bakteriler tarafından tüketildikleri kalın bağırsağa ulaşır. Bu nedenle, bağırsak mikrobiyomundaki yararlı mikroorganizmaları seçici bir şekilde uyarabilen yeni nesil prebiyotik bileşikler olarak kabul edilirler. Bifidobakteriler, N-glikan salınımı için benzersiz bir genomik yeteneğe sahiptir. Bu tez kapsamında, glikoproteinlerden N-glikan salınımı için farklı organizmalardan (bebekler, tavşanlar, tavuklar ve yaban arıları) izole edilen Bifidobakteri suşlarından yeni glikosidazların rekombinant üretimi amaçlanmıştır. İlk olarak, Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697'den izole edilen endo-?-N-asetilglukozaminidaz enziminin amino asit dizisine benzerlikleri açısından farklı Bifidobakteri suşlarından yeni glikosidazlar seçilmiştir. Bu enzimlere genetiksel olarak farklı füzyon etiketler (N-His, SUMO, C-His) eklenmiştir ve enzimleri kodlayan genlerin klonlaması için E. cloni 10G hücrelerinde in vivo klonlama tekniği kullanılmıştır. Hedef glikanları değiştirilen enzimler batch methodu ile yüksek verimde üretilmiş ve saflaştırılmıştır. Ardından saflaştırılan enzimlerin model protein RNase B üzerindeki aktiviteleri SDS-PAGE analiziyle test edilmiştir ve aktivite gösteren beş enzimin optimum reaksiyon koşulları ve kinetik parametreleri belirlenmiştir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Recombinant Production of Bifidobacterial Endoglycosidases for N-glycan Release
    (Journal of Visualized Experiments, 2021) Sucu, Berfin; Bayraktar, Ayşe; Duman, Hatice; Arslan, Ayşenur; Kaplan, Merve; Karyelioğlu, Melda; Ntelitze, Eda; Taştekin, Taner; Yetkin, Seray; Karav, Sercan
    Protein glycosylation is a diverse and common post-translational modification that has been associated with many important roles such as protein function, including protein folding, stability, enzymatic protection, and biological recognition. N-glycans attached to glycoproteins (such as lactoferrin, lactadherin, and immunoglobulins) cannot be digested by the host and reach the large intestine, where they are consumed by certain beneficial microbes. Therefore, they are considered next-generation prebiotic compounds that can selectively stimulate the gut microbiome's beneficial microorganisms. However, the isolation of these new classes of prebiotics requires novel enzymes. Here, we describe the recombinant production of novel glycosidases from different Bifidobacteria strains (isolated from infants, rabbits, chicken, and bumblebee) for improved N-glycan isolation from glycoproteins. The method presented in this study includes the following steps: molecular cloning of Bifidobacterial genes by an in vivo recombinational cloning strategy, control of transformation success, protein induction, and protein purification.