Yazar "Songur, Umut" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 9 / 9
  • Küçük Resim
    Öğe
    Assessment of genetic diversity of Turkish maize landraces for phytic acid and total phenolic contents
    (Slovak University of Agriculture in Nitra, 2021) Kahrıman, Fatih; Aktaş, Fatma; Pınar, Gülizar; Songur, Umut; Egesel, Cem Ömer
    The breeding studies targeted to develop high yielding varieties in maize have led to a decrease in genetic variation in secondary biochemical components. Local maize landraces are important genetic sources for these components. The objective of this study was to examine the genetic variation for phytic acid and total phenolic compounds within 192 Turkish maize landraces. The plant material was grown during the summer season of 2017 in Çanakkale, with the inclusion of 7 check hybrids. The field trial used an Augmented Experimental Design, with 6 blocks, each one containing 32 landraces and 7 check hybrids. Phytic acid and total phenolics were detected spectrophotometrically in the seeds of landraces propagated by bulk pollination. The data were subjected to analysis of variance and some genetic estimations (coefficients of variation, heritability, genetic advance) were calculated for the observed traits. Results of data analysis suggest that there is a considerable genetic variation among the investigated genetic materials. The phytic acid content was found between 0.82–4.87 mg g-1 and the total phenolic content was between 0.03–1.99%. For both traits, genetic variation in local maize landraces was observed to be wider than check varieties. The promising materials among landraces may have potential use in the future breeding programs for manipulating the levels of phytic acid and phenolic compounds. According to the calculations made for the inheritance of the traits, it was determined that the heritability in phytic acid content was higher (56.2%) than those for the total phenolics. Genetic gain calculations showed that genetic improvement can be achieved by selection for both investigated traits.
  • [ X ]
    Öğe
    Assessment of Protein Quantity and Quality of Turkish Maize Landraces with Different Opacity Levels
    (Slovak University of Agriculture in Nitra, 2024) Karaoğlu, Gülhan Baytekin; Songur, Umut; Çiğdem, Esra; Şimşek, Gökalp; Kahrıman, Fatih
    Protein ratio and amino acid composition vary considerably in maize according to the level of opacity. In this study, the total protein content, amounts of some essential amino acids (lysine and tryptophan) and quantitative and qualitative variation of protein fractions in maize seed samples separated according to different opacity levels were investigated. In the study, 6 local maize landraces with opaque kernel structure and 3 standards were used. The field trial was carried out in 2021 according to the complete blocks trial design with 3 replications. Samples of local maize landraces from the field experiment were separated on a light table according to 5 different opacity levels (0%, 25%, 50%, 75% and 100%). Protein content, lysine and tryptophan contents, albumin + globulin, glutelin and zein contents were analyzed in the samples separated by their opacity. In addition, protein fractions were subjected to SDS-PAGE analysis and the changes in protein bands according to opacity level were examined. Differences between genotypes, opacity levels and their interaction were illustrated with box plot and PCA-Biplots. Two-way dendrograms were created for qualitative discrimination. The results of the study showed that there were significant changes in protein amount and quality according to the opacity levels of the genotypes. The protein contents of the genotypes were 5.95–10.22%, lysine contents 0.33–0.46%, tryptophan contents 0.032–0.083%, albumin + glubulin contents 1.92–2.72%, glutelin contents 0.64–1.08%, and zein contents 1.59–1.99%. There was a significant difference in presence or absence according to the opacity levels in the protein fractions. © 2024 Slovak University of Agriculture in Nitra. All rights reserved.
  • [ X ]
    Öğe
    Comparison of colorimetric methods for determination of phytic acid content in raw and oil extracted flour samples of maize
    (Academic Press Inc Elsevier Science, 2020) Kahrıman, Fatih; Songur, Umut; Serment, Mehmet; Akbulut, Sule; Egesel, Cem Omer
    There are different colorimetric methods, with various analysis principles and phases, for the estimation of phytic acid content in agricultural products. Maize genotypes may possess a wide range of oil content, which is considered as a factor affecting the results of phytic acid analyses. Elaborative studies are needed to examine these methods to clarify the effect of oil content on the results, especially in the sample sets with varying oil concentrations. We utilized 4 different colorimetric methods; namely, AOAC, Wade, Chen and Haug-Lantzsch (H-L), to estimate phytic acid content in 19 maize genotypes, classified as having high ( > 7 %, n = 7) normal (3-5 %, n = 6) and low ( < 3 %, n = 6) oil content. Phytic acid determination was carried out on 2 groups of flour samples (raw: El, and oil extracted: E2) using 3 replications. The results indicated that analysis methods yielded rather different phytic acid values. They also differed significantly in time and cost, with the Chen method being the cheapest and Haug-Lantzsch (H-L) the quickest. Oil extraction had significant effects on phytic acid results, and these effects varied across the analysis methods and the oil content of the genotypes. Our data suggest that either novel or improved colorimetric methods are necessary when analyzing phytic acid in special maize genotypes, considering the dissimilarity of the results from the current methods.
  • [ X ]
    Öğe
    Effects of Donor x Inducer Interaction on the Success of Haploid Induction and Comparison of Haploid Seed Identification Methods in the In vivo Maternal Haploid Technique in Maize
    (Ankara Univ, Fac Agriculture, 2022) Kahrıman, Fatih; Songur, Umut; Disbudak, Abdullah; Kizik, Sezgin; Vural, Berk
    This study was conducted to investigate the effect of donor and inducer lines on the haploid induction rate in the in vivo maternal doubled haploid technique in maize and to compare the methods used in haploid seed separation. In the study, three donor materials were used for induction crossing with two inducer lines. Seedling immersion and stem injection techniques were used as chromosome doubling methods. Eye separation, spectral measurements and image processing were used to identify seed classes. Data were modeled using support vector machine method and created models were evaluated over the complexity matrix. The results of the research revealed that the haploid induction rate varies depending on the donor genotypes and inducers, and the genotype responses against the applied chromosome doubling method were also different. Differences were observed in the success of the three methods compared for haploid and diploid seed separation. The successful classification rates were 87%, 83%, and 79% in visual, spectral and image processing models, respectively. Results showed that both spectral technique and image processing technique can be used to distinguish haploid/diploid seeds in in vivo maternal haploid technique.
  • [ X ]
    Öğe
    Haploid ve Diploid Mısır Bitkilerinde Karyotipleme için Kromozom Boyama Yöntemlerinin Karşılaştırılması
    (2024) Kahrıman, Fatih; Songur, Umut; Baştuğ, Taha; Ovalı, Mehmet
    In vivo katlanmış haploid tekniği mısır ıslah çalışmalarında homozigot hatların geliştirilmesinde kullanılan yöntemlerden biridir. İn vivo katlanmış haploid tekniği kullanılarak oluşturulan haploid ve diploid bitkileri sınıflandırmak için çeşitli analiz tekniklerinden yararlanılmaktadır. Bu çalışmada in vivo katlanmış haploid tekniği ile elde edilen örneklerin plodi seviyesini belirlemek amacıyla farklı kromozom boyama yöntemlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada, iki farklı donör (B73, HyaxB73) ile bir indirgeyicinin (CIM2GTAIL-P2) melezlenmesinden elde edilen haploid ve diploid mısır tohumları kullanılmıştır. Çimlendirilmiş tohumların kök meristemlerindeki ploidi seviyelerini belirlemek için farklı ön işlemler (Soğuk su, Carnoy, Colchicine, ve Kontrol) ile iki boyama yönteminin (Acetocarmin, Feulgen) altı kombinasyonu karşılaştırılmıştır. Uygulanan muameleler; Ön işlem yok + Acetocarmin (T1), Ön işlem yok + Feulgen (T2), Soğuk su + Carnoy + 1N HCl + Acetocarmin (T3), Soğuk su + Carnoy + 1N HCl + Feulgen (T4), Colchicine + Carnoy + 1N HCl + Acetocarmin (T5), Colchicine + Carnoy + 1N HCl +Feulgen (T6) şeklinde düzenlenmiştir. İki donör materyalden elde edilen toplam 120 adet tohum örneği çimlendirilerek kök ucu örnekleri elde edilmiştir. Bu numunelere Acetocarmin ve Feulgen boyama yöntemleri uygulanarak toplam 6 farklı işlem uygulanmıştır. Hazırlanan slaytların dijital görüntüleri kaydedilmiş ve ImageJ yazılımı kullanılarak karyotip analizleri yapılmıştır. Çalışma sonuçlarına göre 1N HCl uygulamasının Feulgen boyaması için kritik bir adım olduğu belirlenmiştir. Çalışmada test edilen kombinasyonlar arasında en başarılı sonuçlar T3 ve T4'ten elde edilmiştir. Bu uygulamanın görüntü analizlerine dayalı karyotip analizi sonrasında haploid numunelerde uzun kol/kısa kol oranlarının 1,86 ile 2,57 arasında değiştiği, diploid numunelerde ise 1,50 ile 3,42 arasında değiştiği tespit edilmiştir. Haploid ve diploid örneklerin kromozomlarının farklı morfometrik özelliklere sahip olduğu belirlenmiştir. Haploid örneklerin tüm kromozomları metasentrik iken diploid örneklerde metasentrik, sub-metasentrik ve sub-telosentrik kromozomlar tespit edilmiştir. Araştırmada farklı ön işlemlerin karyotip analizlerinde kullanılan dijital görüntülerin kalitesi üzerinde önemli bir etkisi olduğu görülmüştür.
  • [ X ]
    Öğe
    Mısırda in vivo haploid katlama yöntemlerine karşı indirgeyici ve donör genotiplerin tepkilerinin araştırılması ve haploid tohum tespitinde kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması
    (Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, 2020) Songur, Umut; Kahrıman, Fatih
    Bu tez çalışması mısır ıslahında kullanılan in vivo haploid katlama yöntemlerine karşı kullanılan materyallerin yanıtlarının irdelenmesi ve haploid tohum ayrımında kullanılan tekniklerin karşılaştırılması amacıyla yürütülmüştür. Çalışmada materyal olarak üç donör (DNR1, DRN4, DNR5) ile iki indirgeyici hat (CIM2GTAIL-P2, RWK-76xRWS) kullanılmıştır. Donör materyaller ve indirgeyici hatlar 2019 yılı Eylül ayında sera şartlarında KH0 tohumların elde edilmesi için yetiştirilmiştir. Serada yapılan tozlama işlemlerinin ardından donörlerden elde edilen tohumlardan haploid ve diploid olanlar göz ile sınıflandırılmıştır. Sınıflanan tohumlar kodlanmış ve sırası karışmayacak şekilde önce masaüstü tarayıcıda resimleri daha sonra da masaüstü NIR (Yakın Kızıl Ötesi) spektroskopi cihazında reflektans verileri toplanmıştır. KH0 tohumlar Zabirova ve diğerleri (1996) ve CIMMYT (Uluslararası Buğday ve Mısır Araştırma Merkezi) tarafından önerilen iki farklı yöntem ile kromozom katlama işlemine tabi tutulmuştur. Bu işlemin ardından fideler yeterli büyüklüğe ulaştığında 2020 yılı Mayıs ayında tarlaya şaşırtılmış ve bitki görünümü ile sap renklenmesi dikkate alınarak bitkilerin sınıflama durumları kayıt altına alınmıştır. Başlangıçta yapılan sınıflamadan elde edilen veriler ile son sınıflama verileri bağımlı değişken olarak kabul edilerek spektral veriler ve görüntü verileri (Mavi, Yeşil, Kırmızı bant) tahminleyici olarak kullanılmış ve sınıflama modelleri oluşturulumuştur. Oluşturulan modellerin sınıflama kapasiteleri gerçek sınıflama sonuçları ile kıyaslanarak değerlendirilmiştir. Araştırma bulgularına göre kullanılan donör ve indirgeyici hatların kromozom katlama yöntemlerine karşı tepkilerinin farklı olduğu görülmüştür. Haploid indirgenme oranları %9,2 ile %16,1 arasında değişim göstermiştir. CIMMYT yönteminde hem fideleme hem tarlaya şaşırtma aşamalarında bitki kayıplarının yüksek olduğu gözlenmiştir. Haploid tohum sınıflama amacıyla kullanılan teknikler bakımından da dikkate değer farklar olduğu belirlenmiştir. Yaygın olarak kullanılan göz ile ayırma yönteminin doğruluk oranı %87 olarak tespit edilir iken tohum görüntülerine ve spektral verileri dayalı oluşturulan modellerin doğruluk oranları sırasıyla %79 ve %83 olarak bulunmuştur. Bu çalışmanın sonuçları hem sepktral tekniklerin hem de görüntü işleme tekniğinin mısır ıslah programlarında in vivo maternal haploid tekniğinde sınıflama aracı olarak kullanılabileceğini ortaya koymuştur.
  • [ X ]
    Öğe
    Örnekleme Yöntemi Mısır Tohumlarından İzole Edilen DNA Miktarı ve Kalitesini Nasıl Etkiler?
    (2024) Kahrıman, Fatih; Songur, Umut; Yıldırım, Ezgi Alaca; Egesel, Cem Ömer
    DNA izolasyonu, moleküler analizler için temel adımlardan biridir. Bu adımda elde edilen DNA'nın miktarı ve saflığı, moleküler analiz içeren çalışmalarda önemlidir. Mısır genetik çalışmalarından elde edilen sonuçlar, tohumun endosperm kısmından alınan doku örnekleri üzerinde moleküler analizler yapılabileceğini ve güvenilir sonuçlar alınabileceğini ortaya koymuştur. Ancak, açıkta tozlanma nedeniyle yüksek oranda genetik çeşitlilik gösteren mısır popülasyonları için tohum örneklemesinin sayısı ve yöntemi konusunda hala farklı öneriler bulunmaktadır. Bu çalışmanın amacı i) tohum dokusu örneklerinden izole edilen DNA miktarını ve kalitesini örnek sayısına bağlı olarak karşılaştırmak ve ii) örneklenen tohumlardaki canlılık durumunu belirlemektir. Çalışmada 11 yerel mısır genotipi ve 2 standart hat (B73 ve Mo17) tohum materyali olarak kullanmıştır. Genotiplere ait 30’ar adet tohum örneğinin endosperm kısmından ayrı ayrı kesilerek alınan (çipleme) parçalar ile tekli, 10’lu, 20’li ve 30’lu olmak üzere 4 alt örnek grubu oluşturulmuştur. Bu örnekler üzerinde CTAB metodu kullanılarak DNA izolasyonu yapılmıştır. Örneklerin DNA içeriği ve saflıkları Nano-Drop cihazı kullanılarak belirlenmiştir. Araştırma bulgularına göre, örneklerin DNA miktarları 2,2 ng ile 1243 ng arasında değişmiştir. Saflık değerleri ise 1,41 ile 2,03 arasında (A260/A280) değişmiştir. Tek tohum örneklerinden elde edilen DNA saflığı diğer gruplardan daha düşük olmasına rağmen, bir araya getirilmiş örneklerde DNA saflığı benzerlik göstermiştir. Örneklenen tohumların çimlenme oranları %55 ile %100 arasında değişmiştir. Bu örnekleme yönteminin küçük tohumlu popülasyonlarda risk taşıyabileceği belirlenmiştir. Çalışmadan elde edilen DNA örnekleri, SSR primerleri kullanılarak genetik benzerlik analizlerine tabi tutulacak ve elde edilen sonuçlar bu alanda çalışan araştırmacılarla paylaşılacaktır.
  • [ X ]
    Öğe
    Screening of genetic variability in Turkish maize landraces for protein and starch related traits
    (Maydica-Ist Sper Cerealicoltur, 2020) Kahrıman, Fatih; Akbulut, Sule; Duz, Gamze; Songur, Umut; Egesel, Cem Omer
    Local populations of maize are valuable resources to maintain the genetic variability within the species. Breeding programs in many different countries try to characterize and exploit such germplasm. The objective of this study was to evaluate 192 Turkish maize landraces for their variation in terms of protein ratio, the amino acids that affect the protein quality, starch ratio as well as its fractions. Field experiment was carried out at the Crop Research and Application Unit of CanakkaleOnsekiz Mart University Agricultural Faculty Farm, and used and augmented design with 6 blocks. Each block contained 32 landraces and 7 standard hybrids. Data were collected on protein, lysine, tryptophan, starch, amylose, and amylopectin content. Analysis of variance was run, and genetic calculations were utilized to determine the heritability values. The results suggested that Turkish maize landraces possess a considerable variation for protein and starch traits. The ranges determined for protein, starch, amylose, amylopectin, lysine, and tryptophan were 6.56-16.50%, 56.38-79.63%, 2.09-35.25%, 64.75-97.91%, 0.12-0.93%, and 0.03-0.09%, respectively. The broad sense heritability values for the investigated traits were between 16-53%. Several landraces were detected to be superior to the standard varieties for some traits and considered to be valuable genetic material for the breeding studies to come.
  • [ X ]
    Öğe
    Screening Turkish maize landraces for kernel oil content and oil quality traits
    (Cambridge Univ Press, 2020) Kahrıman, Fatih; Aktas, Fatma; Songur, Umut; Serment, Mehmet; Egesel, Cem Omer
    In this study, maize landraces, previously collected from different regions of Turkey through a national maize breeding project, were screened for kernel oil content and oil quality. After a seed reproduction in 2017, the screening trial was conducted in 2018, using an Augmented Experimental Design with 192 local maize populations along with seven check hybrids. Data were collected on oil, oleic acid, linoleic acid, monounsaturated (MUFA), polyunsaturated and saturated fatty acids, total carotenoid and total tocopherol contents. The results showed that there was a considerable amount of genetic variation among the Turkish maize landraces for almost all the traits investigated in this study. Some of the evaluated landraces are available that could be considered as high oil variety or special genotypes in terms of certain oil quality traits. Landraces had significantly higher values than checks for oil content, oleic acid, MUFA and tocopherol contents. Genetic analyses suggest that the kernel quality traits could be successfully manipulated using the investigated plant material. Heritability values were found high for all the traits of interest, except for saturated fatty acid and total carotenoid content. The promising landraces detected in this study could be exploited in future breeding programmes upon further evaluations at the population level.