Yazar "Kaya, Selen" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • [ X ]
    Öğe
    Discovery of diverse chimeric peptides in a eukaryotic proteome sets the stage for experimental validation of the mosaic translation hypothesis
    (Elsevier, 2025) Cakir, Umut; Gabed, Noujoud; Koroglu, Yunus Emre; Kaya, Selen; Sinharoy, Senjuti; Benedito, Vagner A.; Brunet, Marie
    The high complexity of eukaryotic organisms enabled their evolutionary success, driven by the diversification of their proteomes. Various mechanisms contributed to this process. Alternative splicing had the largest known impact among these mechanisms. Earlier, we hypothesized that along with alternative splicing, a different but conceptually similar mechanism creates novel versions of existing proteins in all eukaryotes. However, this mechanism operates at the level of translation, where amino acid sequence novelty arises through multiple programmed ribosomal frameshifting events occurring within the same transcript. This mechanism, which is termed mosaic translation, is very difficult to demonstrate even with the most up-to-date molecular tools. Thus, it remained unnoticed so far. Using a subset of mass spectrometry proteomic data from various organs of the model plant Medicago truncatula, we took the first step toward experimental validation of this hypothesis. Our original in silico approach resulted in the discovery of two candidates for mosaic proteins (homologs of EF1 alpha and RuBisCo) and 154 candidates for chimeric peptides. Chimeric peptides and polypeptides are produced in the course of one ribosomal frameshifting event and may correspond to parts of mosaic proteins. In addition, our analysis reveals the possibility of translation of chimeric peptides from five ribosomal RNA transcripts, ten long non-coding RNA transcripts, and one transfer RNA transcript. These findings are novel and will form the basis for future experimental validation. We also present multiple lines of indirect evidence supporting the validity of our in silico data.
  • [ X ]
    Öğe
    Nikelce Zengin Topraklardan (Çanakkale) İzole Edilen Bakterilerin Bitki Büyüme Teşvik Edici Potansiyellerinin Belirlenmesi
    (2022) Karakaş, İlke; Ay, Mustafa; Öztürk, Furkan; Kaya, Selen; Doğru, Nurcihan Hacıoğlu
    Bitki büyümesini teşvikleyici rizobakteriler (PGPR), bitkinin hastalıklara dirençli hale gelmesinde önemli rol oynamaları sebebiyle sürdürülebilir tarım sistemlerine katkı sağlamaktadır. Bu çalışmada, Çanakkale ili Ezine ilçesinin 6 km kuzeyinde bulunan serpantin yamaçlarında yayılan Alyssum pinifolium (Nyar, T.R. Dudley) bitki köklerinden alınan toprak örneklerinden elde edilen bakteri izolatlarının bitki büyüme teşvik edici potansiyelleri araştırılmıştır. Elde edilen 21 izolatın 16S rDNA analizi ile yapılan identifikasyonlarında Bacillus, Priestia ve Brachybacterium cinslerine ait olduğu saptanmıştır. 21 izolatın PGPR olma potansiyellerini ortaya koymak için in vitro şartlarda azot fikse etme, fosfor çözme yetenekleri, indol-3-asetik asit (IAA), ve siderofor üretme kapasiteleri belirlenmiştir. Çalışmada kullanılan tüm izolatların fosfor çözme yeteneği olduğu saptanmıştır. İzolatların fosfor çözme oranları 2.047 µg/mL ile 2.600 µg/mL arasında bulunmuş olup en yüksek değer Bacillus toyonensis NMCC-157’ten elde edilmiştir. 21 izolat için azot fiksasyon özelliği tespit edilememiştir. IAA üretim yeteneği 51.4 µg/mL ile 278.5 µg/mL arasında ölçülmüş ve en yüksek IAA üretimi Brachybacterium nesterenkovii NY-3 tarafından gerçekleştirilmiştir. İzolatların %47.6’sının siderofor üretim yeteneği olduğu belirlenirken en yüksek siderofor üretimi B. toyonensis NMCC-157’ten elde edilmiştir. Araştırma sonuçları, yüksek miktarlarda siderofor, IAA üretimi ve fosfor çözme gibi bitki büyümesini teşvik edici markör özelliklere sahip olan Bacillus cinslerinin ekonomik açıdan değerli kültür bitkilerinin yetiştirilmesinde biyogübre olarak kullanılma potansiyeline sahip olduğunu göstermiştir.