Yazar "Köse, Canan Ceylan" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • Küçük Resim
    Öğe
    Anemia and thrombocytopenia due to a novel BRPF1 variant in a family from canakkale with intellectual disability and dysmorphic facies: Case report and review of the literature
    (John Wiley and Sons Inc, 2023) Köse, Canan Ceylan; Kaya, Derya; Akcan, Mehmet Berkay; Sılan, Fatma
    Intellectual developmental disorder with dysmorphic facies and ptosis (IDDDFP) (MIM#617333) is an autosomal dominant disorder characterized by delayed psychomotor development, intellectual disability (ID), and dysmorphic facial features due to pathogenic variations in the Bromodomain- and PHD Finger-Containing Protein (BRPF1) (MIM#602410) gene. Herein, we report the first Turkish patients with IDDDFP. Additionally, the patients had hematopoietic disorders such as anemia and thrombocytopenia, which have not been previously described in IDDDFP patients. Genetic testing using Whole Exome Sequencing (WES) revealed a novel heterozygous c.1433G > A; p.W478* (NM_004634.3) pathogenic variant on exon 3 of the BRPF1 gene. The patients demonstrated classical features of IDDDFP such as intellectual disability, developmental delay, ptosis, micro and retrognathia, and dysmorphic facial features, in addition to the anemia and thrombocytopenia. Apart from the variant in BRPF1, no additional genomic changes were detected by WES and chromosomal microarray analysis (CMA). Hopefully, our novel report on the hematopoietic anomalies of our patients due to BRPF1 will expand upon the clinical spectrum of IDDDFP, encourage further studies about BRPF1-hematopoietic system relations, and affect the diagnostic and therapeutic schemes of hematopoietic system disorders.
  • [ X ]
    Öğe
    BRCA2 genindeki klinik önemi bilinmeyen varyantların patojenitesinin in silico analizler ile değerlendirilmesi ve klinik korelasyonu
    (Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, 2024) Köse, Canan Ceylan; Sılan, Fatma
    GİRİŞ VE AMAÇ: BRCA2 geni, DNA onarımı ve tümör baskılayıcı özellikleriyle meme ve over kanserleri gibi malignitelerle ilişkilidir. BRCA2'deki klinik önemi bilinmeyen varyantlar (VUS), kanser risk değerlendirmelerinde belirsizliklere yol açmaktadır. Bu çalışmada, Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Tıbbi Genetik Polikliniği'nde yeni nesil dizileme ile tespit edilen BRCA2 VUS varyantlarının patojenitesinin in siliko analizlerle değerlendirilmesi ve klinik korelasyonlarının incelenmesi amaçlanmıştır. YÖNTEM: VUS varyantlarının genomik analizleri Franklin, ClinVar ve QCI veritabanlarında incelenirken, protein üzerindeki etkiler SIFT, MutationTester2021, FATHMM, PANTHER ve AlphaMissense gibi in siliko araçlarla değerlendirilmiştir. PHD-SNP ve SNPs&GO, varyantların hastalıkla ilişkisini incelemek için kullanılmış; MUpro ve I-Mutant ise protein stabilizasyonu tahmininde uygulanmıştır. HOPE ve Swiss-Model ile 3D modelleme yapılarak varyantların yapısal etkileri görselleştirilmiştir. İn siliko analiz sonuçları, hastaların kanser öyküleri ve aile geçmişiyle ilişkilendirilmiştir. BULGULAR: Çalışmada BRCA2 geninde toplam 193 varyant tespit edilmiş; bunların %53'ü benign/muhtemel benign, %21'i patojenik/muhtemel patojenik, %24'ü ise VUS olarak sınıflandırılmıştır. VUS olarak belirlenen 48 varyant in siliko analizler ile incelenmiştir. Hepsi missense türünde olan bu varyantların en sık ekzon 11'de bulunduğu tespit edilmiştir. İn siliko analizlerde, 7 varyant patojenik/muhtemel patojenik, 29 varyant ise benign/muhtemel benign olarak sınıflandırılmıştır. Çelişkili sonuçlar nedeniyle 12 varyant net olarak sınıflandırılamamıştır. Ayrıca, çalışmada 7 novel varyant saptanmıştır. SONUÇ: İn siliko analizler, BRCA2 VUS varyantlarının patojenitelerini belirlemede etkili olmuştur. Çalışma sonucunda VUS oranı %24'ten %6'ya düşürülmüş, bu da in siliko analizlerin klinik uygulamalar için önemini ortaya koymuştur. Gelecekteki çalışmaların, varyantların işlevsel etkilerine odaklanarak BRCA2'nin kanser riskindeki rolünü daha iyi anlamamıza katkı sağlaması beklenmektedir. Anahtar Kelimeler: BRCA2, VUS, in siliko, klinik korelasyon