Yazar "Can, Canan" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 5 / 5
  • [ X ]
    Öğe
    Domates, Biber ve Patlıcanda Patojen Fusarium oxysporum İzolatlarının Yeni Nesil Sekanslama Yöntemi ile DNA Sekans Bazında Karşılaştırmalı Tüm Genom Analizini Kullanarak Genetik Çeşitliliğinin Belirlenmesi, Filogenetik İlişkilerin Değerlendirilmesi ve İzolatların Patojen Efektör Protein Genlerinin Karşılaştırılması
    (2018) Altınok, Hacer Handan; Tanyolaç, Muhammed Bahattin; Özkılınç, Hilal; Can, Canan
    Ülkemizde patlıcan yetiştiriciliğinin yaygın olduğu Ege ve Akdeniz Bölgesi?nde domates, biber ve patlıcan üretiminde, patojenik Fusarium oxysporum?lar önemli verim kayıplarına neden olmaktadır. Surveyler kapsamında 2015 ve 2016 yıllarında elde edilen, patojenik F. oxysporum izolatlarının virülenslikleri belirlenmiştir. Domatesden izole edilen toplam 145 adet izolatın % 42?si F. oxysporum f. sp. lycopersici (Fol) % 53?ü F. oxysporum f. sp. radicis- lycopersici (Forl) olarak belirlenmiştir. Toplam 64 adet F. oxysporum f. sp. capsici (Foc) izolatları elde edilmiştir. F. oxysporum f. sp. melongenae (Fomg) izolatları kültür koleksiyonumuzdan temin edilmiştir. İzolatlar çapraz inokulasyon denemelerinde herhangi bir simptom sergilememişlerdir. Her bir forma specialis?den (Fol, Forl, Foc ve Fomg) 40 adet izolat setinin TEF1-alpha, Actin, Beta-tubulin, Calmodulin ve Chitin synthase gen bölgeleri üzerinden formae speciales grupları arasındaki filogenetik ilişkiler değerlendirilmiştir. Bu kodlayıcı gen bölgeleri Fol, Forl, Foc ve Fomg izolatları arasında sınırlı genetik varyasyon göstermiş olup, farklı f. sp.?lerin ayrımını sağlayamamıştır. Tüm genom dizi analizlerinde, toplam 45 adet F. oxysporum izolatının genom büyüklüğü 45 GB olarak saptanmış ve fungusların genomlarında insersiyon ve delesyon olayları saptanmıştır. İzolatlar arasında patojenisite efektör genleri yönünden varyasyonlar belirlenmiş ve six1 genine non-patojen izolatların hiçbirinde rastlanmamıştır. Six4a ve six4b genleri ise, hem patojen hem de non-patojen izolatlarda tespit edilmiş, bu durumun genlerin tür içindeki yatay transferi ve/veya bu fungus türlerinde patojenisiteye neden olan diğer patojen genlerden kaynaklandığı değerlendirilmiştir. Tüm genom align edilmiş ve tek nükleotid farklılıkları tespit edilmiştir. Dendrogramda izolatlar 2 ana gruba ayrılmış, grup I?de tek Forl izolatı yer alırken, diğer izolatlar grup II?de yer almış, ve bunlar kendi içlerinde alt gruplara ayrılmıştır. Alt gruplar değerlendirildiğinde, Fol, Foc ve Fomg izolatlarının çoğunlukla özelleştiği konukçulara göre gruplandığı görülmüştür. Fol ve Forl her ne kadar farklı formae speciales olsalar da, elde edilen filogeni analiz bulguları, aslında bunların birbirine çok yakın türler olduğunu göstermektedir. Formae speciales?ler içerisinde en homojen genom Fomg izolatlarında saptanmıştır
  • [ X ]
    Öğe
    Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde yetiştiriciliği yapılan nohutta zararlı yanıklık hastalığı etmeni Ascochyta rabiei (Pass.) Labr.'ın genetik ve patojenik varyasyonlarının belirlenmesi
    (2007) Can, Canan; Özkan, Hakan; Kahraman, Abdullah; Mart, Dürdane; Özkılınç, Hilal
    [Abstract Not Available]
  • [ X ]
    Öğe
    Pathogenicity, Morpho-Species and Mating Types of Alternaria spp. causing Alternaria blight in Pistacia spp. in Turkey
    (Springer, 2017) Ozkilinc, Hilal; Sarpkaya, Kamil; Kurt, Sener; Can, Canan; Polatbilek, Hatice; Yasar, Aysegul; Sevinc, Unal
    Alternaria genus includes many plant pathogens on numerous hosts, causing leaf spots, rots and blights. Alternaria blight has been observed as one of the important fungal diseases of pistachio (Pistacia vera L.) as well as its wild relatives (P. terebinthus, P. lentiscus, P. khinjuk, P. atlantica, P. mutica) in Turkey. Alternaria species were sampled from Pistacia spp. hosts from different geographic regions in Turkey during field trips in late spring to early fall of 2013. Alternaria blight symptoms were observed mainly on fruits and rarely on leaves. Four hundred and twenty two of the isolates were morphologically defined as A. alternata, A. tenuissima, A. arborescens and also intermediate morpho-species between A. alternata/A. arborescens. Pathogenicity of the isolates was confirmed with host inoculations on detached fruits. Mating types of 270 isolates of Alternaria spp. from the collection were identified using a PCR-based mating type assay that amplifies either a MAT1-1 or a MAT1-2 fragment from the mating locus. Although a strongly clonal population structure was expected due to the putative asexual reproduction of these fungi, both idiomorphs were detected at equal frequencies at several different spatial scales. The distribution of mating types within each geographic region, within host species as well as in overall collection was not significantly different from 1:1. Amplified fragments of partial idiomorph sequences were obtained for representative isolates. Parsimony trees were depicted based on sequence data of mating type genes for these representative isolates as well as some other Alternaria species obtained by Genebank. Several point mutations presented a few clusters which are supported by high bootsrapped values. The Alternaria blight disease agents both from cultivated and wild hosts were pathogenic on pistachio which may cause difficulties to control the disease because of extensity of pathogen sources. Besides, equal mating type distribution of the pathogen at both geographic and host species levels suggests a potential for sexual reproduction of Alternaria spp. in Turkey.
  • [ X ]
    Öğe
    The most recent status of genetic structure of Didymella rabiei (Ascochyta rabiei) populations in Turkey and the first genotype profile of the pathogen from the wild ancestor, Cicer reticulatum
    (Springer, 2019) Ozkilinc, Hilal; Can, Canan
    Chickpea is an important legume crop cultivated in many locations of Turkey and wild relatives of chickpea naturally grow in the Southeastern Anatolia Region of Turkey. Ascochyta blight caused by Didymella rabiei is one of the most important limiting factors for chickpea production. In this study, we aimed to investigate the genetic structures of D. rabiei samples from wild and domesticated chickpea hosts from different geographical regions. For this purpose, D. rabiei was collected from different geographic regions of Turkey between March and June in 2014 and 2015. Besides, some isolates were obtained from the wild chickpea species, C. pinnatifidum and C. reticulatum. Total, one hundred and two isolates of D. rabiei were genotyped using six sequence tagged microsatellite (STMS) markers. According to the results of molecular variance, the pathogen isolates from different geographic regions showed a significant genetic variation, but, most of which were confined within the populations. The total genetic diversity was estimated to be 0.612 for D. rabiei isolates from chickpea over the country. For the first time, D. rabiei from C. reticulatum, which is the wild ancestor of domesticated chickpea was found in the world and the isolates from C. reticulatum were represented with a single genotype. Isolates from C. pinnatifidum were genetically closer to the isolates from Southeastern Anatolia Region. All the isolates were grouped as one genetic population according to the Bayesian algorithm and presented a mixed distribution based on the principal coordinate analysis (PCoA) of genetic distances. All the results represented and updated the information about the genetic structure of D. rabiei populations across the country by announcing new information about the isolates from wild relatives. In addition, STMS markers were utilized to test whether allele sizes of microstallite loci change during asexual reproduction in infection period within the host. Thus, the changes in pathogen genotype was traced from seed to seedling. To do tracing, chickpea seeds were treated with two different D. rabiei isolates with known STMS multilocus genotypes. Then, pathogen re- isolations were performed from the plants grown from the infected seeds and these re-isolates were genotyped with the same STMS markers. Allele sizes of re-isolates were different from the parental ones for some of the loci which indicated that microsatellite alleles may have changed during multiple cycles of asexual reproduction through host infection.
  • [ X ]
    Öğe
    Türkiye’de Antepfıstığı (Pistacia vera) ve diğer Pistacia Türlerinde Alternaria Yanıklık Hastalığına Neden Olan Alternaria spp.’nin Moleküler ve Patojenik Karakterizasyonları ve Hastalık Epidemiyolojisinin Araştırılması
    (2016) Özkılınç, Hilal; Kar, Yağmur; Can, Canan; Sevinç, Ünal; Polatbilek, Hatice; Sarpkaya, Kamil; Konukoğlu, Fatma
    Alternaria yanıklığı bu önemli ürün bitkisi için ciddi fungal hastalıklardan biridir. Türkiye’de gözlenen hastalık semptomları çoğunlukla meyve kısmında kahverengileşme/kararma lezyonlardır ve bu durum ürün kalitesinde azalmaya yol açmaktadır. Hastalık epidemileri Türkiye’de son yıllarda görülmektedir. Türkiye’deki yabani Antepfıstığı türlerinin (Pistacia spp.) de Alternaria yanıklığı’ndan etkilendiği fark edilmiştir. Proje kapsamında hastalık etmenlerini karakterize etmek üzere, Güneydoğu Anadolu, Akdeniz, Ege ve Marmara Bölgeleri’nde Antepfıstığı ve yabani akrabalarından örneklemeler yapılmıştır. İzolatlar morfolojik ve moleküler açıdan değerlendirilmiştir ve yaygın olarak hastalık etmeninin A. alternata olduğu belirlenmiştir. Genomik DNA üzerindeki beş bölge (Alt_a1, ATPase, Endo_PG, OPA1.3 ve SCAR2) için alınan sekans verileri kullanılarak yapılan filogenetik analizlerde, A. alternata ve A. tenuissima tek bir filogenetik tür olarak temsil edilirken, A. arborescens farklı bir filogenetik tür olarak ayrılmıştır. Hem morfolojik hem moleküler verilere göre net bir şekilde sadece bir adet A. arborescens izolatı belirlenirken, morfolojik kriterlere göre A. alternata/A. arborescens arasında ara tip özellikleri sergileyen, filogenetik analizlere göre ise A. arborescens’e daha yakın olan üç adet izolat bulunmuştur. Yaygın klonal yapı ile birlikte patojenik çeşitliliğin varlığı hem çalışılan farklı DNA bölgeleri hem de Mat1.1 ve Mat1.2 eşey tiplerinin 1:1 oranındaki dağılımı ile gösterilmiştir. İn vitro patojenisite denemelerinde izolatların izole edildiği konukçu, bölge veya doku (meyve veya yaprak) özelleşmesi göstermeksizin Antepfıstığı meyvelerinde patojenik oldukları belirlenmiştir. Spor uçuşlarının ilkbaharda başlayıp, yaz aylarında arttığı ve sonbaharda azaldığı pilot lokasyonlarda tespit edilmiştir. Enfeksiyonlar için en uygun sıcaklık aralığının 20-27°C olduğu belirlenmiştir. Bazı fungisitlerin in vitro’da testlenen izolatlar üzerinde etkileri farklılık göstermiştir. Detaylı ve geniş kapsamlı olarak ilk defa ülkemizdeki yabani ve kültür Antepfıstığı’nda Alternaria yanıklık hastalığı etmenlerini karakterize eden bu bulguların, hastalık kontrol stratejilerinin geliştirilmesine yardımcı olacağı umulmaktadır.