Yazar "Aras, Merve" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • [ X ]
    Öğe
    Pestisitlerin DNA affinite düzeylerinin incelenmesi: docking analiz sonuçlari
    (Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, 2023) Aras, Merve; Yayıntaş, Özlem; Yalçın, Sibel Oymak
    Amaç: Son yıllarda yapılan çalışmalara göre pestisitler kanser, Parkinson hastalığı, Alzheimer hastalığı, üreme sistemi bozuklukları ve doğum defektleri gelişimine yol açabilmektedir. Bu çalışmanın amacı Alfa-sipermetrin, Malathion, Quinclorac, Roundup (Glyphosate) bitki koruma ürünlerinin DNA afinite düzeylerini incelemek ve literatur eşliğinde tartışmaktır. Yöntem: Ligand ve reseptör arasındaki docking sonuçları Hex 8.0.0 yazılımı kullanılarak tespit edildi. Reseptör ve ligandın docking için hazırlanması UCSF Chimera 1.15 yazılımı ile yapıldı. Docking görselleştirmeleri BIOVIA Discovery Studio ve PyMol yazılımları ile yapıldı. Pestisitlerin DNA ile olan etkileşim görüntüleri BIOVIA Discovery Studio yazılımı ile tespit edilirken, DNA’ya bağlanma görüntüleri PyMol yazılımı ile tespit edildi. Bulgular: Çalışmamızda Çanakkale bölgesinde sık kullanılan bitki koruma ürünlerinin docking analiz sonuçlarına göre DNA molekülüne olan affinite düzeyleri sırasıyla Alpha Cypermethrin>Malathion>Quinclorac>Roundup/Glyphosate şeklinde tespit edildi. DNA ile en yüksek etkileşim içinde olan pestisit Alpha Cypermethrin (-248.24 KJ mol-1) ve en düşük bağlanma enerjili ise Roundup (-161.54 KJ mol-1) olarak tespit edildi. Sonuç: Alfa-sipermetrin literatürle de uyumlu olarak toksisistesi ve gen hasarı oluşturma potansiyeli en yüksek moleküldür. Ürün çeşitliliği göz önüne alındığında hem tekli hem de çoklu bitki koruma ürünleri kullanımına dikkat edilmesi gerekmektedir. Bu molekül kullanımı sırasında alternatif olarak yerine geçebilecek daha düşük DNA affinitesi ve toksisitesi olan bitki koruma ürünleri tercih edilebilir
  • [ X ]
    Öğe
    Şeker hastalığı üzerinde quercetin, gallik asit, oleanolik asit ve ursolik asitin in siliko analizi
    (Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, 2022) Aras, Merve; Yayıntaş, Özlem
    Amaç: Diyabet, pankreatik β hücrelerinin yeterli seviyede insülin üretememesin ya da üretilen insülinin vücut tarafından etkili şekilde kullanılamaması sonucu ortaya çıkan bir hastalıktır. IDF diyabet atlasının verilerine göre 2021’de dünya çapında 20-79 yaş aralığında 537 milyon diyabetli hasta olduğu ve bu sayının 2030’da 643 milyon, 2045’te ise 783 milyon olmasının beklendiği bildirilmiştir. Bu derece ciddi düzeyde olan diyabet hastalığını kontrol altına alabilmek için bilim insanları çeşitli tedavi yöntemleri bulmaya çalışmaktadır. Bunlardan biri de doğal tedavilerdir. Bu çalışmada, antidiyabetik özelliklere sahip quercetin, gallik asit, oleanolik asit ve ursolik asidin diyabetle ilişkili renin, katepsin-d, T-PA, leptin, MASP-2, FABP4 proteinlerine afinite değerleri araştırıldı. Yöntem: Moleküler docking analizi için öncelikle UCSF Chimera 1.15 yazılımı ile proteinlerden istenmeyen kalıntılar ve zincirler silinmiş ve polar hidrojen atomları eklenerek docking için hazırlanmıştır. Daha sonra ligand olarak kullanılan kuersetin, gallik asit, oleanolik asit ve ursolik asit minimum enerji konformasyonuna getirilmiştir. Moleküler yerleştirme için hazırlanan protein ve ligand, Autodock Tools 1.5.6 yazılımı ile analiz edildi. Moleküler yerleştirme sonuçları, BIOVIA Discovery Studio ve protein plus yazılımı ile görüntülendi. Ayrıca ADME analizi için pkCSM yazılımı kullanılmıştır. Sonuç: Sonuç olarak, quercetin diğer üç flavonoidden daha etkili bulunmuştur