Yazar "Çakas, Selen" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • [ X ]
    Öğe
    Saccharomyces cerevisiae maya türünde TEC1 transkripsiyon faktörünün NTH1 gen ekspresyonuna etkisinin analizi
    (Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, 2017) Çakas, Selen; Genç, Tülay Turgut
    Saccharomyces cerevisiae maya türünde trehaloz, depo karbonhidratı ve stres koruyucu molekül olarak rol oynayan bir disakkarittir. Hücre içerisindeki trehaloz miktarı, biyosentez ve yıkım mekanizmalarının sıkı bir şekilde kontrolü ile belirli bir seviyede tutulmaktadır. Trehalozun sentezi trehaloz sentaz enzim kompleksi (TPS) ile yıkımı ise NTH1 geni tarafından kodlanan trehalaz enzimi ile gerçekleşmektedir. NTH1 gen ekspresyonu farklı transkripsiyon faktörleri ve sinyal yolakları tarafından kontrol edilmektedir. Yaptığımız biyoinformatik çalışmalarda NTH1 promotor bölgesinde farklı transkripsiyon faktörlerinin bağlanma dizileri belirlenmiştir. Bunlardan bir tanesi Tec1 transkripsiyon faktörü olup, NTH1 promotoru üzerinde 5 tane olası bağlanma bölgesi tespit edilmiştir. Çalışmamızda azot açlığı koşullarında Tec1 proteinin NTH1 trankripsiyonuna etkisi belirlenmeye çalışılmıştır. Bu amaçla yaban tip ve ?tec1 S. cerevisiae maya hücrelerine, NTH1 promotor bölgesini içeren plasmid transform edilerek, farklı azot kaynakları içeren ortamlardaki NTH1 gen ekspresyon seviyeleri enzimatik yöntem ile saptanmıştır. Ayrıca yaban tip ve ?tec1 maya hücrelerinde bu koşullarda biriktirilen trehaloz miktarı enzimatik yöntemle belirlenmiştir. Araştırmanın sonunda ?tec1 hücrelerinin içerisinde biriktirilen trehaloz miktarı yaban tip suş ile karşılaştırıldığında, azot açlığı koşulunda, trehaloz miktarında artış olduğu saptandı. Tec1 proteini yokluğunda, NTH1 ekspresyonunda artış meydana geldiği belirlendi. Yapılan çalışmada Tec1 proteini, NTH1 regülasyonunda represör olarak görev aldığı gösterilmektedir. Veri tabanları ve bilgisayar programları kullanılması ile gerçekleştirilen in silico DNA-TF bağlanma modellemesinde, Tec1 proteinin NTH1 promotoruna bağlanma olasılığının yüksek olduğu belirlendi.
  • [ X ]
    Öğe
    Tec1 Transkripsiyon Faktörünün NTH1 Gen Ekspresyonuna Etkisi
    (2019) Genç, Tülay Turgut; Çakas, Selen
    Hücre içi trehaloz birikimi maya hücrelerinin farklı çevresel streslere karşı oluşturduğu fizyolojik cevaplardanbirisidir. Saccharomyces cerevisiae maya hücrelerinde trehaloz miktarı hücre döngüsünün farklı aşamalarındafarklı miktarlarda bulunmakta olup kronolojik yaşam uzunluğunu etkilemektedir. Stres koşullarında biriktirilentrehalozun yıkımından sorumlu nötral trehalaz enzimini kodlayan NTH1 geninin ekspresyonu farklı sinyalyolakları üzerinden kontrol edilmektedir. Bu yolaklardan bir tanesi TOR sinyal yolağı olup aynı zamanda buyolak maya hücrelerinin kronolojik yaşam uzunluğunu etkileyen Tec1 transkripsiyon faktörünün de stabilitesinietkilemektedir. Trehaloz sentezinden ve yıkımından sorumlu genlerin promotor bölgelerinin analizinde NTH1promotorundan tespit edilen TCS elementleri Tec1 proteinin NTH1 geninin regülasyonunda görev almaolsılığını kuvvetlendirmektedir. Tec1 transkripsiyon faktörünün NTH1 gen ekspresyonuna etkisini belirlemekamacıyla, yaban tip ve ?tec1 S. cerevisiae maya hücrelerine NTH1 promotor bölgesi ve LacZ gen füzyonuiçeren plazmit aktarılmıştır. Kuvvetli azot ve zayıf azot kaynaklarında, Tec1 proteinin varlığında ve yokluğundamaya hücrelerinin trahaloz birikimleri ve NTH1 gen ekspresyon miktarları enzimatik olarak belirlenmiştir. Tec1proteininin yokluğunda NTH1 geninin aktive olduğu ve trehaloz birikiminin oldukça azaldığı belirlenmiştir.Elde edilen sonuçlar Tec1 transkripsiyon faktörünün özellikle normal üreme koşullarında NTH1transkripsiyonunun negatif düzenlenmesi için gerekli olduğunu göstermiştir