Karadeniz alabalığında (Salmo labrax) polimorfizmin biyoenformatik yöntemler kullanılarak belirlenmesi

Abstract

Sucul kaynakların korunması ve sorumlu bir şekilde yönetilmesi geniş kitleler tarafından tanınmış ve öncelik haline getirilmiştir. Bu nedenle yaygın olarak tüketilen ve üretimi yapılan türlerin genetik olarak istenen özelliklere sahip olması arzu edilen bir hale gelmiştir. Çalışmada karadeniz bölgesi ve çevresinde bulunan ve üretimi gerçekleştirilen Salmo labrax türünün genetik özelliklerinin bir kısmının ortaya konması hedeflenmiştir. Doğadan 30 ve yetiştiricilik hatlarında 30 olmak üzere toplam 60 balık üzerinde yürütülen çalışmada doğal örneklerde 37 haplotip elde edilmiştir ve hplotip çeşitliliği (Hd) 0,9880 olarak tespit edilmiştir ve toplam 51663 SNP sonucuna ulaşılmıştır. Yetiştiricilik hatları populasyonunun toplamda 27 haplotipe ve Hd:0,9436 haplotip çeşitliliğine sahip olduğu görülmüştür ve yetiştiricilik populasyonlarında toplamda 706053 SNP verisine ulaşılmıştır. Bir sonraki aşamada türün kendi referans genomunun oluşturulabilmesi açısında genom boyu ilişkilendirme çalışmaları (GWAS) yürütmek oldukça faydalı olacaktır. Belirlenen genlerdeki değişimlerin her hangi bir etkisinin olup olmadığının araştırılması ve bu tür değişimlerin başka genlerde de rastlanıp rastlanmadığının ortaya konması önem taşımaktadır. Gelecek dönemde yapılacak çalışmalarda linkage diseqilibrium analizleri (LD) ve quantitative trait loci (QTL) çalışmalarının yürütülmesi bu nedenle önem arz etmektedir.

The conservation and responsible management of aquatic resources has been widely recognized and made a priority. For this reason, it has become desirable that the species that are widely consumed and produced have genetically desirable characteristics. In this study, it was aimed to reveal some of the genetic characteristics of Salmo labrax species found and produced in and around the Black Sea region. In the study carried out on a total of 60 fish, 30 from nature and 30 from aquaculture lines, 37 haplotypes were obtained in natural samples and the haplotype diversity (Hd) was determined as 0.9880, and a total of 51663 SNPs were obtained. The population of breeding lines was found to have a total of 27 haplotypes and a haplotype diversity of Hd: 0.9436, and a total of 706053 SNP data were obtained in the breeding populations. In the next stage, it will be very useful to conduct genome-wide association studies (GWAS) in order to create the species' own reference genome. It is important to investigate whether the changes in the identified genes have any effect and whether such changes are also found in other genes. Therefore, it is important to conduct linkage disequilibrium analyses (LD) and quantitative trait loci (QTL) studies in future studies.