Güney Marmara bölgesinde allium cinsi bitkilerde potyvirüslerin tanılanması ve karakterizasyonu

Abstract

Çalışmada, Çanakkale, Bursa ve Balıkesir ili ve ilçelerinde 2014-2017 üretim yılları içerisinde survey çalışmaları yürütülerek Onion yellow dwarf virus (OYDV), Leek yellow stripe virus (LYSV) ve Turnip mosaic virus (TuMV) etmenlerine benzer simptom gösteren pırasa, soğan ve sarımsak bitkilerinden 494 örnek toplanmış ve DAS-ELISA yöntemi ile test edilmiştir. Analizler sonucunda 494 örnekten 100 tanesinde OYDV, 52 tanesinde LYSV ve 35 tanesinde ise karışık enfeksiyon bulunmuş, TuMV enfeksiyonları ise tespit edilememiştir. Enfekteli bulunan örnekler içerisinden elde edilen bazı izolatların moleküler özelliklerini belirlemek amacıyla RT-PCR ürünleri klonlanarak nükleik asit ve amino asit dizilimleri belirlenmiştir. Bu izolatlara özgü nükleotit (nt) ve amino asit (aa) dizilimleri, gen bankasında bulunan ve dünyanın farklı üretim bölgelerinden izolatlar ile karşılaştırılmış ve Güney Marmara Bölgesi LYSV izolatlarının kendi aralarında nt ve aa düzeyinde sırası ile % 79,55-99.81 ve % 80,69-100, OYDV izolatlarının ise % 76,25- 99,67 ve % 83,50-100 benzerlik taşıdığı belirlenmiştir. Bu izolatların dünya izolatları ile nt ve aa düzeyinde oluşturduğu benzerlik oranları ise sırası ile LYSV için % 77,90-99,27 ve % 78,19-99,69, OYDV için ise % 74,09-84,72 ve % 79,00-92,50 olarak belirlenmiştir. Yapılan filogenetik analizler sonucunda Güney Marmara Bölgesi izolatlarının dünyanın farklı bölgelerindeki izolatlarla farklı düzeylerde ilişki gösterdiği saptanmıştır. Ayrıca klonlama çalışmalarında kullanılan izolatlardan bazıları indikatör bitkilere mekanik taşınma denemeleri kapsamında inokule edilmiş ve inokule edilen bitkilerin bazılarında LYSV ve OYDV'ye özgü simptomlar gözlenmiştir.

In this study, 494 samples were collected from leek, onion and garlic plants which show similar symptoms with Onion yellow dwarf virus (OYDV), Leek yellow stripe virus (LYSV) and Turnip mosaic virus (TuMV) by conducting surveys in Çanakkale, Bursa and Balıkesir provinces and sub provinces in 2014-2017 and they were tested by DAS-ELISA method. As a result of analysis, while 100 OYDV, 52 LYSV and 35 mixed infections out of 494 samples were determined, TuMV infections were not found. To identify the molecular properties of some isolates that were found in infected samples, nucleic acid and amino acid sequences were determined by cloning RT-PCR products. When the nucleotide (nt) and amino acid (aa) sequences which are specific to these isolates compared to isolates from the different production regions all over the world, it has been revealed that there are similarities both among the LYSV isolates of the Southern Marmara Region of 79,55-99,81 % and 80,69-100 %, and the OYDV isolates of 76,25-99,67 % and 83,50-100 %, respectively. While the similarity rates of these isolates with the world isolates at the level of nt and aa within the context of LYSV are 77,90-99,27 % and 78,19-99,69 %, the rates are 74,09-84,72 % and 79,00-92,50 % for OYDV, as a consequence. As a result of conducted phylogenetic analyzes, it has been found that the isolates of the South Marmara Region are associated with different levels of isolates in different parts of the world. Furthermore, some of the isolates used in cloning studies were inoculated with indicator plants through mechanical transmission assays and in some of the inoculated plants, symptoms particular to LYSV and OYDV were observed.