Çanakkale ili Kabakgil üretim alanlarındaki potyvirüs enfeksiyonlarının belirlenmesi

Abstract

Cucurbitaceae (Kabakgil) familyası 98 cinsten 975 türü kapsamaktadır. Ülkemizde ve özellikle Çanakkale ilinde önemli bir tarımsal paya sahiptir. Kabakgil familyasının en önemli bitki koruma sorunlarından biri viral hastalıklar olup, önemli verim kayıplarına neden olduğu bilinmektedir. Bu viral hastalıklar içinde potyvirus cinsi önemli bir yere sahiptir. Bu cinse ait olan ve uygun koşullarda kabakgillerde %100 verim kayıplarına sebep olan zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) ve watermelon mosaic virus (WMV) yer almaktadır. Çanakkale ilinde daha önce kabakgil üretim alanlarında görülen potyvirus hastalıkları hakkında yapılan literatür taramalarında herhangi bir çalışmaya rastlanmamıştır ve bölgenin bu hastalıklar açısından durumunun ne olduğu bilinmemektedir. Bu bağlamda gerçekleştirilen bu çalışma ile bu açığın kapanması amaçlanmıştır. Bu doğrultuda Çanakkale ili ve ilçelerinden kabakgil üretim alanlarından 2021 üretim yılında virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 137 kabakgil bitkisinden örnekler toplanmıştır. Toplanan örnekler RT-PCR ile WMV ve ZYMV'ye spesifik primer çiftleri kullanılarak testlenmiştir. Enfekteli bulunan örnekler içerisinden 7 izolat seçilerek kılıf protein (CP) genleri amplifiye edilerek, sekans analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sekans verileri ile de Çanakkale ili ZYMV ve WMV izolatlarının biyoinformatik analizleri gerçekleştirilerek Türk ve dünya izolatlarının sekans benzerlik oranları ve filogenetik ilişkileri ortaya konulmuştur. Testlemeler sonucunda 78 örnekte WMV, bir örnekte ise ZYMV'ın tekli enfeksiyonları tespit edilmiştir. ZYMV+WMV karışık enfeksiyonu ise 39 örnekte tespit edilmiştir. Bu sonuçla WMV'nin ilimizde oldukça yaygın olduğu görülmüştür. Biyoinformatik analizler sonucunda ise Türk WMV ve ZYMV izolatların kendi içlerinde ve gen bankasında bulunan diğer izolatlar ile %90'dan fazla benzerliğe sahip olduğu belirlenmiştir. İzolatların filogenetik ilişkileri değerlendirildiğinde Türk WMV ve ZYMV izolatlarının birbirleri ile yakın ilişkili olduğu görülmüştür.

Cucurbitaceae (cucurbit) family includes 98 genera and 825 species. It has an important agricultural place in Turkey and especially in Çanakkale. One of the most important plant protection problems in the Cucurbitaceae family is viral diseases and it is known to cause significant yield losses. Potyvirus genus has an important place among these viral diseases. There are zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) and watermelon mosaic virus (WMV), which belong to this genus and cause 100% yield losses in cucurbits under suitable conditions. There have been no studies in the literature on potyvirus diseases seen in Cucurbitaceae production areas in Çanakkale province before, and it is not known what the status of the region is in terms of these diseases. In this context, it is aimed to close this gap with this study carried out. Accordingly, samples from 137 Cucurbitaceae plants showing virus and virus-like symptoms were collected from Cucurbitaceae production areas in Çanakkale province and districts in 2021 production year. The collected samples were tested using RT-PCR and primer pairs specific to WMV and ZYMV. And 7 isolates were selected from the infected samples and coat protein (CP) genes were amplified and sequenced. Bioinformatics analyses of ZYMV and WMV isolates in Çanakkale province were carried out with the sequence similarity rates and phylogenetic relations of Turkish and world isolates. As a result of the tests, single infections of WMV were detected in 78 samples and ZYMV in one sample. ZYMV+WMV mixed infection was detected in 39 samples. With this result, WMV was found to be notably common in Çanakkale. As a result of bioinformatics analyses, it was determined that Turkish WMV and ZYMV isolates have more than 90% similarity to other isolates found in themselves and the GenBank. When the phylogenetic relations of isolates were evaluated, it was determined that Turkish WMV and ZYMV isolates were closely related to each other.