Çanakkale ili bağ alanlarında grapevine fanleaf virus'un tespiti ve moleküler karakterizasyonu

Abstract

Bağ alanlarında üzüm verimini ve kalitesini düşüren en önemli faktörlerin başında hastalık ve zararlılar gelmektedir. Hastalıklar içerisinde ise virüslerin ekonomik düzeyde önemli sorun oluşturduğu bilinmektedir. Virüs hastalıkları ile mücadelenin zor olması ekonomik kayıpları daha da arttırmaktadır. Bugüne kadar ülkemizde yapılan çalışmalar kapsamında bağ üretim alanlarında birçok farklı virüs hastalığı enfeksiyonu tespit edilmiştir. Enfeksiyonu tespit edilen bu virüs hastalıklarından bir tanesi de grapevine fanleaf virus (GFLV)'dur. GFLV ile ilgili olarak ülkemizde çok sayıda çalışma yapılmasına rağmen, çalışmaların büyük bir kısmı virüsün tespitine yönelik olmuş ve teşhis için çoğunlukla biyolojik yöntemler ya da ELISA testi kullanılmıştır. Virüsün moleküler karakterizasyonuna yönelik bir çalışma yapılmamıştır. Bu çalışma ile Çanakkale ili bağ üretim alanlarında GFLV'nin mevcut durumunun tespiti ve elde edilen belirli sayıda GFLV izolatlarının moleküler olarak kılıf protein gen bölgesine göre karakterize edilmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda Çanakkale ili ve ilçeleri bağ üretim alanlarında virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 60bitkiden örnekler alınarak GFLV spesifik primer çifti ile ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) kullanılarak testlenmiştir. Testlemeler sonucunda GFLV ile enfekteli olarak bulunan örneklerden elde edilen 4 izolat seçilerek kendi içlerinde ve dünya izolatları ile göstermiş oldukları benzerlik ve filogenetik ilişkileri araştırılmıştır. Gerçekleştirilen testlemeler sonucunda toplanılan örneklerin 34'ünde GFLV enfeksiyonu tespit edilmiştir. Toplanılan örneklerdeki GFLV enfeksiyon oranı ise %56.66 olmuştur. Enfekteli örneklerde en dikkat çeken simptom tipi yapraklardaki sarımtrak klorozlar ve yaprak deformasyonları olarak belirlenmiştir. Moleküler karakterizasyon çalışmaları sonucunda ise Türk ve dünya izolatlarının birbirleri ile %85 ve üzeri sekans benzerliği gösterdiği saptanmıştır. Filogenetik analizler sonucunda ise Türk izolatlarının iki farklı gruba dağılım gösterdiği belirlenmiştir.

Diseases and pests are among the most important factors that lead to a reduction in the yield from grape production areas and quality of the grapes from these areas. Among such diseases, viruses are known to pose a significant economic problem. It is difficult to control plant virus related diseases. Due to these difficulties, yield losses increase. Within the scope of studies carried out in our country to date, many different viral disease infections have been detected in vineyard production areas. One of these viral diseases, whose infection has been detected, is grapevine fanleaf virus (GFLV). Although many studies on GFLV have been done in our country, most of the studies focused on the detection of the virus and biological methods or enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) tests were mainly used for diagnosis. No studies have been conducted to date concerning the molecular characterization of the virus. Determining the current status of GFLV in the vineyard production areas of Çanakkale Province and performing a molecular characterization of a certain number of GFLV isolates according to the coat protein gene region were the aims of this study. In this context, samples were taken from 60 plants presenting virus and virus-like symptoms in the vineyard production areas of Çanakkale province and its districts. Sample were tested using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) using a GFLV specific primer pair. Similarities and phylogenetic relationships between local samples and world isolates were investigated. As a result of the tests that were performed, GFLV infection was detected in 34 of the collected samples. The GFLV infection rate in the collected samples was 56.66%. The most striking symptom type in these samples was yellowish chlorosis and leaf deformations. As a result of molecular characterization studies, it was determined that Turkish and world isolates showed 85% or more sequence similarity with each other. As a result of phylogenetic analysis, it was determined that Turkish isolates could be distributed into two different groups.