Çanakkale İlinde Rose Yellow Vein Virus Etmeninin Tespiti ve Genetik Çeşitliliği

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.authorKısa, Nazlı
dc.contributor.authorKorkmaz, Savaş
dc.date.accessioned2025-01-27T19:38:49Z
dc.date.available2025-01-27T19:38:49Z
dc.date.issued2021
dc.departmentÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
dc.description.abstractÜlkemizin hemen hemen her bölgesinde güller doğal olarak yetişmekte veya üretimi yapılmaktadır. Güllerde enfeksiyon oluşturan çok sayıda virüs hastalığı vardır ve bunlardan bir tanesi de gül sarı damar virüsü (rose yellow vein virüs; RYVV)’dür. RYVV Caulimoviridae familyası içinde Rosadnavirus cinsine ait bir virüstür. Virüs, 9.314 nükleotitten oluşan ssDNA (+) genomuna sahiptir. Etmen ülkemiz için yeni bir virüs olup karakterizasyonu tam olarak yapılmamıştır. Bu amaçla 2018-2019 yıllarında Çanakkale ilinde virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 71 gül örneği toplanmıştır. Toplanan örnekler PCR ile kılıf protein genine spesifik primer çifti (RYVV-F1 5'-CGAGA TTAAC GAAAT GGAC-3'and RYVV R1 5'-CGTAC TCTTT CTTGG CTT-3') ile testlenmiştir. Testlemeler sonucunda 71 örneğin 19’u enfekteli olarak bulunmuştur. Enfekteli izolatlardan biri seçilerek ilgilenilen hareket proteini (movement protein; MP) ve kılıf proteini (coat protein; CP) gen bölgelerinin tamamı PCR ile amplifiye edilmiştir. Elde edilen PCR ürünleri kullanılarak seçilen izolata ait amplifiye edilmiş olan MP ve CP genlerinin nükleotid dizileri belirlenmiştir. Elde edilen RYVV MP ve CP genlerine ait nükleotit dizilimleri kullanılarak, amino asit dizilimleri çıkarılmıştır. Yapılan nükleotid ve amino asit temelli çoklu dizi karşılaştırmaları sonucunda Çanakkale RYVV izolatı ile dünya izolatları arasında nükleotid düzeyinde %96-98, amino asit düzeyinde %98-99 oranlarında benzerlik olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca filogenetik analizler sonucunda Çanakkale RYVV izolatı ile dünya izolatlarının ilişkileri ortaya konmuştur. Bu çalışma ile ülkemizde ilk defa RYVV Çanakkale izolatının iki gen bölgesine göre moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir.
dc.identifier.doi10.7161/omuanajas.931793
dc.identifier.endpage453
dc.identifier.issn1308-8750
dc.identifier.issn1308-8769
dc.identifier.issue3
dc.identifier.startpage446
dc.identifier.trdizinid1152570
dc.identifier.urihttps://doi.org/10.7161/omuanajas.931793
dc.identifier.urihttps://search.trdizin.gov.tr/tr/yayin/detay/1152570
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12428/17383
dc.identifier.volume36
dc.indekslendigikaynakTR-Dizin
dc.language.isotr
dc.relation.ispartofAnadolu Tarım Bilimleri Dergisi
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanı
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.snmzKA_TRD_20250125
dc.subjectMikroskopi
dc.subjectKimya
dc.subjectAnalitik
dc.subjectBahçe Bitkileri
dc.subjectMikrobiyoloji
dc.subjectViroloji
dc.subjectBiyokimya ve Moleküler Biyoloji
dc.subjectZooloji
dc.titleÇanakkale İlinde Rose Yellow Vein Virus Etmeninin Tespiti ve Genetik Çeşitliliği
dc.typeArticle

Dosyalar

Koleksiyon

TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu